Проанализированы современные литературные данные о роли генетической компоненты в формировании подверженности к недостаточному росту плода (НРП). В обзор включены зарубежные и отечественные работы, опубликованные в Pubmed и eLibrary по данной тематике за последние десять лет. Путем обобщения результатов анализируемых исследований удалось идентифицировать 39 генов, полиморфные маркеры которых изучались в контексте предрасположенности к НРП при кандидатном подходе. Более 50% из них (аллельные варианты 20 генов) продемонстрировали ассоциацию с задержкой роста плода (ЗРП) и малым для гестационного возраста плодом (МГВ). Следует отметить, что результаты ряда исследований противоречат друг другу, что, вероятно, обусловлено небольшим объемом выборок в анализируемых работах, различиями в этнической принадлежности обследованных индивидов, а также отсутствием единообразия критериев включения в основную группу. На сегодняшний день не проведено ни одного полногеномного анализа ассоциаций (Genome-Wide Association Study, GWAS) для НРП. Однако с фенотипическим признаком «вес при рождении» проведено 96 GWAS, где продемонстрирована связь с 622 полиморфными маркерами. Следует отметить, что только три гена ESR1, GPRC5B, MTHFR показали ассоциацию с весом новорожденного как при использовании GWAS, так и при кандидатном подходе. Необходимы дальнейшие более масштабные исследования для уточнения роли выявленных генов, поиска новых генетических факторов риска и проведения полногеномного анализа ассоциаций с НРП. Валидация полученных результатов в нескольких независимых центрах позволит внедрить их в клиническую практику для персонифицированного ведения беременности и улучшения ее исходов.

In this study we describe the genetic features of the Dolgans of the Anabarsky ulus of the Republic of Sakha (Yakutia) and their genetic relationships with neighboring populations of Yakutia and the Krasnoyarsk Krai. An analysis of the features of the Anabar Dolgan gene pool in comparison with the Dolgans from Taimyr based on the Y-chromosome and mtDNA polymorphism showed significant genetic differences between them, which are more pronounced in the diversity of Y-chromosome lineages.

В статье охарактеризованы генетические особенности долган Анабарского улуса Республики Саха (Якутия) по полиморфизму Y-хромосомы и мтДНК, а также генетические взаимоотношения с соседними популяциями Якутии и Красноярского края. Анализ особенностей генофонда долган Анабара в сравнении с долганами Таймыра показал значительные генетические различия между ними, в большей степени проявляющиеся в спектре линий Y-хромосомы.

В настоящее время в России для лечения мукополисахаридоза II типа применяется внутривенная ферменто-заместительная терапия. В последние несколько месяцев стала доступна ферментозаместительная терапия, вводимая в желудочек головного мозга (интрацеребровентрикулярное введение). Главным недостатком этой терапии является невозможность проникать через гематоэнцефалический барьер. Доступными препаратами врачи могут воздействовать или на соматические проявления заболевания, или на неврологические. Для эффективной терапии, направленной на купирование всех симптомов болезни, необходимо введение двух препаратов ферментозаместительной терапии – внутривенно, для воздействия на соматические симптомы, и интрацеребровентрикулярно, для купирования неврологических проявлений болезни.

Schizophrenia is a chronic, progressive, and multifactorial disorder that leads to significant disability and social maladaptation in patients. Although considerable progress has been made in research, the etiology and pathogenesis of schizophrenia remain incompletely understood. However, the involvement of genetic factors in the development of this disease has been established. Using the GWAS catalog, we identified variants within the TCF4 gene that showed a significant association with schizophrenia. The GWAS catalog lists 30 variants within the TCF4 gene associated with schizophrenia. Among these, 12 variants demonstrate a specific association with schizophrenia in the absence of reported comorbidities.The presence and allele frequencies of these variants were subsequently analyzed in two population databases: Database of Population Frequencies of Genetic Variants in the Russian Federation (DPF) and gnomAD. For the functional annotation of the genetic variants, we utilized specialized tracks within the UCSC Genome Browser. The CpG Islands track served to identify potential regulatory regions. The GeneHancer database was used to predict SNP localization within enhancer regions and their potential target genes. To characterize the epigenetic landscape and functional chromatin states, the ENCODE Regulation and ENCODE cCREs tracks were utilized. Comparative analysis revealed significant heterogeneity in the allele and genotype frequencies of TCF4 polymorphisms between the Russian population and other global cohorts. This observed inter-ethnic variability may partly explain the discrepant genetic association findings for schizophrenia reported across different ancestral groups. Therefore, further functional studies are essential to define the precise mechanisms by which TCF4 variants contribute to disease pathogenesis.

Contactin 6 (CNTN6) is a recently discovered member of the contactins family, which belongs to a group of cell adhesion molecules. This review summarizes the current knowledge about the possible functions of CNTN6 in the organism and its manifestations in animal models and human diseases. Histological, cellular, and molecular studies in rodents have shown the involvement of this protein in neurite guidance, neural network development, and oligodendrocytogenesis. The expression levels in the cerebellum, hippocampus, and visual cortex of rodents vary depending on the period of neurodevelopment. Animal models with a deletion of the Cntn6 gene have shown impaired spatial orientation and memory patterns. In humans, copy number variation (CNV) analysis and genome-wide association studies (GWAS) found allele-phenotype relationship of this gene with autism spectrum disorder (ASD), intellectual disability (ID), Tourette syndrome (TS), schizophrenia (SCZ), anorexia, and other mental and neurodevelopmental diseases.

In this article, we describe a case of a novel variant of the ATP7B gene identified in a boy of Short ethnicity with Wilson’s disease (WD). Wilson’s disease is a chronic autosomal recessive disorder caused by pathogenic variants in the ATP7B gene. The patient’s first symptoms appeared at age 10 and included persistently elevated aspartate aminotransferase and alanine aminotransferase levels, decreased ceruloplasmin levels, diffuse liver parenchymal changes, and hepatosplenomegaly. Three months later, due to the ineffectiveness of glucocorticoid therapy, a presumptive diagnosis of Wilson’s disease was made. At age 11, the patient was admitted to the clinical department of the Research Institute of Medical Genetics. One year later, a novel variant p.(Cys69Ter) was identified in a homozygous state in exon 2 of the ATP7B gene.

Вахтовый труд является значимым фактором риска дезадаптации и раннего ремоделирования миокарда. Распространенность артериальной гипертензии (АГ) среди мужчин, работающих вахтовым методом в Арктике, достигает 47%. АГ в данных условиях характеризуется быстрым поражением органов-мишеней и развитием сердечной недостаточности. Ранее была показана ассоциация полиморфизмов в гене TNNT2 c эхокардиографическими (ЭхоКГ) параметрами у пациентов с гипертрофической кардиомиопатией.
Цель: выполнить анализ ассоциации между частыми генетическими вариантами гена TNNT2 и показателями ЭхоКГ у пациентов с АГ, работающих вахтовым методом в условиях Арктики. В исследование вошли 190 мужчин (18-70 лет), образцы ДНК которых были генотипированы методом ПЦР в режиме реального времени. В результате варианты rs1104859, rs3729547 и rs10920184 показали статистически значимую ассоциацию с некоторыми ЭхоКГ параметрами (деформация левого предсердия, толщина задней стенки и объем левого желудочка, толщина межжелудочковой перегородки), что говорит о перспективе применения генотипирования в дальнейших проспективных исследованиях течения ремоделирования миокарда у работающих вахтовым методом c АГ в Арктике.

Болезнь Гентингтона как заболевание с поздним началом и болезнь экспансии имеет определенные особенности планирования и проведения преимплантационного генетического тестирования (ПГТ-М). Заболевание является относительно частым показанием для ПГТ-М в мире. В нашем исследовании представлено описание одного из первых (по опубликованным данным) успешных ПГТ-М болезни Гентингтона в России. Программа ЭКО (экстракорпорального оплодотворения) с ПГТ-М и последующим ПГТ-А (преимплантационным генетическим тестированием анеуплоидии) выполнена супружеской паре, в которой преклинический статус заболевания был у супруги. ЭКО проводили по стандартным протоколам. ПГТ-М выполняли методами ПЦР и фрагментного анализа шести информативных STR, отобранных на подготовительном этапе, и повторов гена HTT. ПГТ-А выполняли методом aCGH
(сравнительной геномной гибридизации на микрочипе). Всего было протестировано семь образцов трофэктодермы эмбрионов. В результате переноса одного эмбриона, отобранного по результатам ПГТ, наступила одноплодная беременность, успешно завершившаяся рождением здорового ребенка. Постнатальная диагностика подтвердила нормальный статус новорожденного в отношении болезни Гентингтона.

X-STR markers are highly informative for kinship testing in complex cases. According to the recommendations of the International Society for Forensic Geneticists (ISFG), for the correct use of X-chromosomal markers in practice, it is necessary to take into account the genetic structure of the population to which the studied individuals belong. This article presents the results of a genetic structure analysis of five Dagestan populations (Tsez, Tsakhur, Karata, Archin, and Dargin) using 15 X-STR markers (HPRTB, DXS6797, DXS6804, GATA165B12, DXS6810, DXS8377, DXS7133, DXS7424, DXS7423, DXS6789, GATA31E08, DXS10079, DXS10103, DXS7132, DXS9895). The analysis revealed differences in population differentiation levels, supported by Fst values and AMOVA results, particularly among isolated populations such as Archin and Tsez. A study of linkage disequilibrium structure confirmed population variability in the distribution of linked loci. The article provides reference data for X-chromosomal markers, including allele and haplotype frequencies, which significantly enhance the toolkit for genetic expertise. These data improve the accuracy and reliability of kinship probability calculations in five indigenous Dagestan populations.

X-STR-маркеры являются высокоинформативными для определения родства в сложных случаях. Согласно рекомендациям международного сообщества судебных генетиков (ISFG) для корректного использования X-хромосомных маркеров в практике нужно учитывать генетическую структуру популяции, к которой принадлежат исследуемые индивиды. Данная статья освещает результаты анализа генетической структуры пяти популяций Дагестана (цезы, цахуры, каратинцы, арчинцы, даргинцы) по 15-ти X-STR-маркерам (HPRTB, DXS6797, DXS6804, GATA165B12, DXS6810, DXS8377, DXS7133, DXS7424, DXS7423, DXS6789, GATA31E08, DXS10079, DXS10103, DXS7132, DXS9895). Анализ популяций выявил различия в уровне популяционной дифференциации, что подтверждается значениями Fst и результатами AMOVA, особенно среди изолированных популяций, таких как арчинцы и цезы. Исследование структуры неравновесия по сцеплению подтвердило популяционную вариабельность в распределении сцепленных локусов. Статья предоставляет референсные данные по маркерам X-хромосомы, которые существенно дополняют инструментарий генетической экспертизы, включая частоты аллелей и гаплотипов. Эти данные способствуют повышению точности и достоверности расчетов вероятности родства в пяти популяциях коренных народов Дагестана.

Currently, identifying biomarkers that can reliably predict the risk of developing severe COVID-19, potentially leading to fatal outcomes, remains a critical challenge. Studying the pathogenetic mechanisms underlying the progression from moderate to severe disease through blood transcriptome analysis enables the identification of differentially expressed genes (DEGs), which may serve as potential prognostic biomarkers of disease severity and as novel therapeutic targets for managing COVID-19 complications. In this review, we have summarized and analyzed studies that compared gene expression profiles between moderate and severe COVID-19 cases using bulk RNA sequencing of blood cell samples. Based on the results of five studies, five commonly and significantly differentially expressed genes were identified (CD177, PPARG, PCOLCE2, SLC51A and ADAMTS2), and their potential roles in the progression to severe COVID-19 are discussed. Functional enrichment analysis was performed, and shared pathways associated with severe COVID-19 were identified, including neutrophil degranulation, interleukin signaling, collagen biosynthesis, and suppression of adaptive and NK cell-mediated immune responses. Additionally, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) studies were reviewed, comparing moderate and severe cases, supporting some of the bulk RNA-seq findings. Due to the limited overlap of data in the reviewed articles, one section of this review focuses on the study designs, including analytical tools, sample collection protocols, and criteria used to define comparison groups. Transcriptomic analysis of the COVID-19 severe form reveals both cellular and molecular mechanisms of the immune response, the dysregulation of which can lead to the development of severe manifestations. RNA-markers seem to be promising predictors of the severity of COVID-19. At the same time, other omics technologies can fill in the gaps in understanding the characteristics of severe COVID-19 and identify mechanisms of disease progression to develop approaches for COVID-19 prevention and treatment.

В настоящее время выявление биомаркеров, позволяющих эффективно определить пациентов с риском развития тяжелой формы COVID-19, которая может привести к летальному исходу, считается важной задачей. Изучение патогенетических механизмов перехода умеренной формы в тяжелую с помощью анализа транскриптома крови обеспечивает идентификацию дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ), которые могут стать потенциальными прогностическими биомаркерами тяжести инфекции, а также новыми терапевтическими мишенями в борьбе с осложнениями COVID-19. В данном обзорном исследовании проведены поиск и анализ работ по изучению различий в экспрессии генов при применении подхода секвенирования РНК пула клеток крови (bulk RNA-seq) при сравнении умеренной и тяжелой степени коронавирусной инфекции. По результатам пяти работ были определены пять общих, наиболее значимых дифференциально экспрессирующихся генов (CD177, PPARG, PCOLCE2, SLC51A и ADAMTS2) и рассмотрена их предполагаемая роль в развитии тяжелой формы COVID-19. Проведен анализ функционального обогащения, который определил общие пути, в которые вовлечены гены, дифференциально экспрессирующиеся при тяжелой форме COVID-19, такие как активация процессов дегрануляции нейтрофилов, путей интерлейкинов, биосинтеза коллагена и подавление путей адаптивного и опосредованного NK-клетками иммунного ответа. Проанализированы также результаты секвенирования РНК единичных клеток (single-cell RNA-seq) в изучении умеренной и тяжелой форм, подтверждающие некоторые результаты bulk RNA-seq. В связи с низкой общностью данных в рассматриваемых работах один из разделов обзора посвящен анализу дизайнов выбранных исследований, включая инструменты анализа, сбор материала и критерии формирования сравниваемых групп. Транскриптомика тяжелой формы COVID-19 раскрывает как клеточные, так и молекулярные механизмы иммунного ответа, дисрегуляция которого может привести к развитию тяжелых проявлений. При этом другие омиксные технологии смогут дополнить пробелы в изучении особенностей тяжелой формы и раскрыть механизмы прогрессирования заболевания для разработки подходов профилактики и терапии COVID-19.

В качестве биохимического маркера нестабильности атеросклеротических бляшек (АСБ) сонных артерий отмечают изменение экспрессии микроРНК, на которое может влиять изменение уровня метилирования промотора генов микроРНК (MIR). Целью работы было выявление в атеросклеротических бляшках сонных артерий человека микроРНК с наиболее сильной связью уровня метилирования CpG-сайтов в промоторном регионе генов MIR и экспрессией зрелых микроРНК. ДНК и микроРНК для анализа выделены из АСБ пациентов с клинически выраженным атеросклерозом сонных артерий (n=14). Анализ метилирования ДНК проведен на метилочипе, экспрессии микроРНК - методом microRNA-seq. Выявлена обратная корреляция экспрессии miR-23b-3p и miR-27b-3p с метилированием cg09951047, cg20355301 и cg13972491. Полученные результаты говорят о важной роли метилирования промотора гена MIR23B в регуляции экспрессии кластера miR-23b/ -27b/ -24-1 при атеросклеротическом поражении сонных артерий.

Introduction: Here, we present the results of a nationwide newborn screening (NBS) program in Russia, covering over 2.3 million newborns and employing TREC and KREC quantification to improve the identification of severe forms of T and/or B cell immunodeficiencies and enable early treatment initiation. Methods: A two-tier PCR testing strategy was used to define the screen-positive cohort, followed by confirmatory flow cytometry and genetic diagnostics, including fluorescent in situ hybridization (FISH) and whole-exome sequencing (WES). Results: A total of 191 patients were diagnosed with defined forms of primary immunodeficiencies (PID), encompassing several groups of inborn errors of immunity (IEI): severe combined immunodeficiency (SCID), agammaglobulinemia, combined immunodeficiency less severe than SCID, and syndromic forms of PID. The overall birth prevalence of severe forms of T and/or B cell immunodeficiencies was 1 in 12,298 live births (95%CI: 1:10,672–1:14,247), corresponding to 8.13 cases per 100,000 newborns (95%CI: 7.02–9.37). Although the positive predictive value of KREC-based screening was relatively low, its use enabled the detection of a substantial proportion of patients with syndromic forms of PID, including Nijmegen breakage syndrome and ataxia–telangiectasia, along with various forms of agammaglobulinemia. Interestingly, 16% of diagnosed newborns had a positive family history, often with previously undiagnosed affected siblings or parents. Additionally, a considerable number of newborns detected by NBS presented with syndromic disorders not currently classified as IEI, suggesting potential avenues for future expansion of the IEI list. Discussion: Importantly, early diagnosis through NBS allowed for the timely initiation of disease-specific treatments, including hematopoietic stem cell transplantation (HSCT), immunoglobulin replacement therapy, and targeted immunosuppressive or supportive care strategies. Early intervention may reduce the risk of severe infections, improve neurodevelopmental outcomes, and prevent irreversible organ damage or malignancies in predisposed syndromes. Overall, our study demonstrates the effectiveness of large-scale implementation of TREC/KREC-based NBS in identifying a broad spectrum of immunodeficiencies and highlights future directions for improving NBS algorithms, follow-up protocols, and individualized medical management for affected infants.