Основная сфера научных исследований связана с фундаментальными и прикладными направлениями в области геномики и транскриптомики многофакторных заболеваний, популяционной транскриптомики и интегративной геномики. 

Является автором более 130 печатных трудов, в том числе 2 монографий, 79 публикаций в ведущих российских и зарубежных журналах, трех учебно-методических пособий. Имеет 1 российский патент на изобретения.

Принимает участие в организации и проведении научных исследований при поддержке отечественных научных фондов:

руководитель проектов РФФИ «Выявление этно-популяционных характеристик подверженности к преэклампсии в популяциях России с использованием подходов геномики и транскриптомики» № 14-04-01467. «Роль регуляторных участков генома в подверженности к осложненному течению беременности» № 18-44-700007;

исполнитель по проектам «Эволюционная генетика ожирения» № 18-04-00758, «Популяционная геномика и транскриптомика человека: поиск сигналов не-нейтральной эволюции» № 18-29-13045.

Руководитель и исполнитель федеральных целевых программ:

проект «Интегрированный анализ полногеномных и транскриптомных данных для идентификации эволюционных аспектов формирования репродуктивных заболеваний человека», исполнитель по проектам «Сравнительное популяционно-генетическое изучение широко распространенных мультифакториальных заболеваний в популяциях EU/AC и России. 02.527.11.0006», руководитель,

«Изучение генетического разнообразия в современных популяциях человека. П321»,

«Работы по проведению проблемно-ориентированных поисковых исследований и созданию научно-технического задела в области наук о жизни с участием научно-исследовательских организаций Австралии»,

«Этническая геномика населения Сибири. 02.512.11.2289», «Коэволюция генома и фенома человека: генетическое разнообразие популяций и фенотипическая вариабельность синтропных признаков. 02.740.11.0284»).

Научные достижения отмечены:

Почётной грамотой Администрации города Томска (2012 г.), дипломом Лауреата Премии Томской области в сфере образования, науки, здравоохранения и культуры в номинации «Премии научным и научно-педагогическим коллективам» (2017 г.).

В настоящее время является членом Вавиловского общества генетиков и селекционеров, European Society of Human Genetics и Российского общества медицинских генетиков.

1. Трифонова Е. А., Марков А. В., Зарубин А.А., Бабовская А.А., Гавриленко М.М., Габидулина Т.В., Степанов В.А. Транскриптомика плацентарной ткани как инструмент для идентификации молекулярных механизмов больших акушерских синдромов // Молекулярная биология.  2025.  Т. 59. № 2.  С. 212-233. DOI 10.31857/S0026898425020048. WoS, Scopus

2. Бабовская A.A., Трифонова E.A., Сереброва В.Н., Степанов В.A. Роль межгенных взаимодействий в формировании предрасположенности к преэклампсии // Генетика.  2024.  Т. 60. №. 8.  С. 1100–1108. DOI 10.1134/S1022795424700571. WoS, Scopus

3. Трифонова Е.А., Бабовская А.А., Зарубин А.А., Сереброва В.Н., Гавриленко М.М., Сваровская М.Г., Ижойкина Е.В., Куценко И.Г., Степанов В.А. Транскриптомное исследование клеток плаценты при преэклампсии как эффективный инструмент персонализированной медицины. Генетика. 2023. Т. 59, № 12. С. 1427–1439.  DOI 10.31857/S0016675823120135. WoS, Scopus

4. Трифонова Е.А., Бабовская А.А., Гавриленко М.М., Степанов В.А. Ассоциация аллельных вариантов гена STOX1 с преэклампсией в популяционных выборках России // Медицинская генетика.  2023.  Т. 22. № 11. – С. 40–46.  DOI 10.25557/2073–7998.2023.11.40–46. RSCI

5. Трифонова Е. А., Марков А. В., Зарубин А. А., Бабовская А. А., Куценко И.Г., Габидулина Т. В., Ижойкина Е. В., Сереброва В. Н., Степанов В.А. Анализ коэкспрессии генов плацентарного транскриптома как основа для поиска ключевых сигнальных путей и биомаркеров больших акушерских синдромов // Сибирский журнал клинической и экспериментальной медицины. 2021. Т. 36.  № 4. С. 144-155. DOI:10.29001/2073-8552-2021-36-4-144-155. Scopus

6. Бабовская А.А., Е. А. Трифонова, В. Н. Сереброва, М. Г. Сваровская, А. А. Зарубин, О. В. Жилякова, Т. В. Габидулина, А. А. Полтанова, Л. В. Рычкова, В.А. Степанов. Протокол полнотранскриптомного анализа децидуальных клеток плацент //. Молекулярная биология. 2022. 56(2). C. 325–333. DOI:10.31857/S0026898422020045. WoS, Scopous

7. Трифонова Е.А., Гавриленко М.М., Бабовская А.А., Зарубин А.А., Сваровская М.Г., Ижойкина Е.В., Степанов И.А., Сереброва В.Н., Куценко И.Г., Степанов В.А. Ландшафт альтернативного сплайсинга в децидуальных клетках плаценты при физиологической беременности // Генетика. 2022. 58(10). С. 1210-1220. DOI: 10.31857/S0016675822100101 WoS, Scopus

8. Трифонова Е.А., Сваровская М.Г., Сереброва В.Н., Куценко И.Г., Агаркова Л.А., Степанов И.А., Жилякова О.В., Габидулина Т.В., Ижойкина Е.В., Степанов В.А. Геномные и постгеномные технологии в генетике преэклампсии // Генетика. 2020. Т. 56. № 5. С. 495-513.

9. Trifonova E.A, Swarovskaya M.G., Ganzha O.A., Voronkova O.V., Gabidulina T.V., Stepanov V.A. The interaction effect of angiogenesis endothelial dysfunction-related gene variants increases the susceptibility of recurrent pregnancy loss // Journal of Assisted Reproduction and Genetics. 2019. 36(4), 717-726

10. Трифонова Е.А., Ганьжа О.А., Габидулина Т.В., Девятьярова Л.Л., Сотникова Л.С., Степанов В.А. Генетические факторы в развитии привычного невынашивания беременности: обзор данных мета-анализов // Акушерство и гинекология. 2017. № 4. С. 14-20.

11. Сереброва В.Н., Трифонова Е.А., Габидулина Т.В., Бухарина И.Ю., Агаркова Т.А., Евтушенко И.Д., Максимова Н.Р., Степанов В.А. Выявление новых маркеров предрасположенности к преэклампсии путем анализа регуляторных участков генов, демонстрирующих дифференциальную экспрессию в плацентарной ткани // Молекулярная биология.  2016. Т. 50.  №5.  С. 870-879.

12. Трифонова Е.А., Габидулина Т.В., Бухарина И.Ю., Степанов В.А. Роль факторов наследственной предрасположенности в развитии преэклампсии: обзор данных метаанализов // Молекулярная медицина. 2016. № 1. С. 8-14.

13. Чередниченко А.А., Степанов В.А., Трифонова Е.А., и др. Связь генетического разнообразия по полиморфным вариантам генов, ассоциированных с иммунозависимыми фенотипами, с распространенностью инфекционных и паразитарных заболеваний в популяциях человека // Медицинская генетика.  2016.  N. 5. С. 56-60.

14. Чередниченко А. А., Трифонова Е. А., Вагайцева К. В., и др. Распространенность аллелей полиморфных вариантов генов, ассоциированных с иммунозависимыми заболеваниями, в популяциях Северной Евразии // Молекулярная биология. 2015. Т. 49. N. 6. С. 984–992.

15. Trifonova E.A., Gabidulina T.V., Ershov N.I., Serebrova V.N., Vorozhishcheva A.Yu., Stepanov V.A. Analysis of the Placental Tissue Transcriptome of Normal and Preeclampsia Complicated Pregnancies // Acta Naturae (англоязычная версия). 2014. 6(2), 71-83.

16. Степанов В.А., Харьков В.Н., Трифонова Е.А., Марусин А.В. Методы статистического анализа в популяционной и эволюционной генетике человека. Учебно-методическое пособие. Серия «Наследственность и здоровье». Вып. 12. - Томск: «Печатная мануфактура». 2014. - 100 с.

17. Stepanov V.A., Trifonova E.A. Multiplex SNP Genotyping by MALDI–TOF Mass Spectrometry:Frequencies of 56 Immune Response Gene SNPs in Human Populations // Molecular Biology. 2013. 47(6), 852-862. (DOI: 10.1134/S0026893313060149).

18. Степанов В.А., Канделария П., Кхо С., и др. Деканализация иммунного ответа при расселении современного человека: связь генетического разнообразия в генах иммунной системы с климато-географическими факторами // Медицинская генетика. 2013.  Т. 12. N. 4 (130).  С. 8-18.

19. Ворожищева А.Ю., Трифонова Е.А., Будко Ю.К., Сереброва В.Н., Максимова Н.Р., Павлова К.К., Габидулина Т.В., Степанов В.А. Роль генетической вариабельности локуса ACVR2A в формировании подверженности преэклампсии // Медицинская генетика, № 10.  2013.  С. 35-40.

20. Trifonova E.A., Spiridonova M.G., Puzyrev V.P., Stepanov V.A., Gabidulina T.V., Urnov F.D. Analysis of the MTHFR gene linkage disequilibrium structure and association of polymorphic gene variants with coronary atherosclerosis // Russian Journal of Genetics. 2012. V. 48. №10. Р. 1035–1047. (DOI: 10.1134/S1022795412100122).

21. Trifonova E., Eremina E, Urnov F., Stepanov V. The Genetic diversity and structure of linkage disequilibrium of the MTHFR gene in populations of Northern Eurasia // ActaNaturae. 2012. V.4. №1. P. 53-70.

22. Трифонова Е.А., Габидулина Т.В., Агаркова Т.А., Сереброва В.Н., Бутко Ю.К., Ворожищева А.Ю., Юрьев С.Ю., Девятьярова Л.А., Минайчева Л.И., Степанов В.А. Анализ роли наследственной тромбофилии в развитии осложненного течения беременности // Фундаментальные исследования. 2012. № 10. С. 337-344.

23. Трифонова Е.А., Едачева А.А., Павлова К.К., Габитова Н.А., Агаркова Т.А., Габидулина Т.В., Еремина Е.Р., Степанов В.А. Ассоциации tagSNPs и гаплотипов гена VEGF с развитием гестоза в популяциях различного этнического происхождения // Медицинская генетика. 2012. № 1. С. 28-35.

24. Трифонова Е.А., Габидулина Т.В., Агаркова Т.А., Габитова Н.А., Степанов В.А. Гомоцистеин, полиморфизмы гена MTHFR и осложнения беременности // Акушерство и гинекология. 2011. № 2. С. 8-15.