Основная научная работа А.А. Кашеваровой посвящена исследованию хромосомного дисбаланса и генетической вариабельности на разных этапах индивидуального развития человека. А.А. Кашеварова является автором и соавтором более 120 печатных трудов, в том числе атласа «Архитектура генома и хромосомные болезни. Синдромы реципрокных микроделеций и микродупликаций» (Томск: Печатная мануфактура, 2014).

А.А. Кашеварова принимает активное участие в выполнении и являлась руководителем научных проектов, поддержанных в рамках Федеральных целевых программ, Российским фондом фундаментальных исследований, Российским научным фондом. 

Анна Александровна впервые показала, что у более половины спонтанных абортусов (СА) I триместра беременности с анеуплоидным кариотипом аномальные клетки присутствуют в мозаичном состоянии с нормальным клоном. В большинстве случаев мозаицизм возникает в результате коррекции трисомии мейотического происхождения. У СА впервые выявлены эпимутации генов контроля клеточного цикла P14ARF и RB1. Показано, что эпимутации генов контроля клеточного цикла могут являться одним из факторов, предрасполагающих к возникновению числовых хромосомных нарушений de novo.

Помимо числовых хромосомных аномалий Анна Александровна занимается изучением структурных хромосомных аберраций - вариаиций числа копий участков ДНК (CNV), как фактора эмбриональной селекции и одной из частых причин интеллектуальных нарушений у детей. Работа по изучению микроструктурных хромосомных мутаций при умственной отсталости была начата в рамках международного проекта 7 Рамочной программы Европейского союза в 2009 году, посвященного генетической диагностике умственной отсталости у детей. В результате молекулярный диагноз был поставлен 9% пациентов, у 22% обнаружены потенциально патогенные CNV и картированы гены интеллектуальных нарушений (Кашеварова и др., 2013; Kashevarova et al., 2014; Kashevarova et al., 2016). В помощь врачам-генетикам и педиатрам в 2014 году был издан атлас «Архитектура генома и хромосомные болезни» (Кашеварова и др., 2014). 

На основе фибробластов с хромосомными мутациями созданы линии индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК). Полученные из этих клеток нейроны можно использовать как in vitro модель для изучения эффектов содержащихся в их геноме мутаций. Под руководством Анны Александровны велась работа по нормализации кариотипа ИПСК, что потенциально может лечь в основу хромосомной терапии болезней человека. Показано, что кольцевая хромосома 8 теряется при культивировании ИПСК, а затем происходит дупликация ее нормального гомолога с восстановлением кариотипа. Установлено, что кольцевая хромосома 13 фрагментируется с образованием деривата, а кольцевая хромосома 22 достаточно стабильна.

В настоящее время Анна Александровна участвует в выполнении проекта, поддержанного Российским Научным Фондом, «Патогенетика наследственных форм умственной отсталости: клеточные, молекулярные и онтогенетические аспекты», для реализации которого в НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ была создана лаборатория онтогенетики.

Научные достижения А.А. Кашеваровой отмечены грамотой Мэра города Томска, дипломом III степени в конкурсе молодых ученых в рамках IX научной конференции «Генетика человека и патология: актуальные проблемы современной цитогенетики», дипломом Лауреата международной научной конференции «Хромосома 2012», почетной грамотой за добросовестную и активную работу, высокие научные достижения и в связи с Днем российской науки, званием Лауреат Премии Томской области в сфере образования, науки, здравоохранения и культуры в номинации «Премии молодым научным и научно-педагогическим работникам, специалистам, докторантам и аспирантам в возрасте до 35 лет включительно», почетной грамотой за добросовестный многолетний труд и профессиональную работу, а также в связи с 35-летием Института медицинской генетики, благодарностью Администрации Томской области за большой вклад в развитие научных исследований, подготовку высококвалифицированных специалистов и с связи с Днем российской науки.

1. Tolmacheva E.N., Vasilyev S.A., Nikitina T.V., Lytkina E.S., Sazhenova E.A., Zhigalina D.I., Vasilyeva O.Yu., Markov A.V., Demeneva V.V., Tashireva L.A., Kashevarova A.A., Lebedev I.N. Identification of differentially methylated genes in first-trimester placentas with trisomy of chromosome 16 // Scientific Reports. 2022. Vol. 12, 1166. doi:10.1038/s41598-021-04107-9.

2. Fonova E.A., Tolmacheva E.N., Kashevarova A.A., Sazhenova E.A., Nikitina T.V., Lopatkina M.E., Vasilieva O.Y., Zarubin A.A., Aleksandrova T.N., Yuriev S.Y., Stepanov V.A., Skryabin N.A., Lebedev I.N. Skewed X-Chromosome inactivation as a possible marker of X-linked CNV in women with pregnancy loss // Cytogenetic and Genome Research. 2022. P.1-12. doi:10.1159/000524342.

3. Lebedev I.N., Karamysheva T.V., Elisaphenko E.A., Makunin A.I., Zhigalina D.I., Lopatkina M.E., Drozdov G.V., Cheremnykh A.D., Torkhova N.B., Seitova G.N., Vasilyev S.A., Kashevarova A.A., Nazarenko L.P., Rubtsov N.B. Prenatal diagnosis of small supernumerary marker chromosome 10 by array-based comparative genomic hybridization and microdissected chromosome sequencing // Biomedicines. 2021. V. 9 № 8. P. e1030. doi: 10.3390/biomedicines9081030.

4. Nikitina T.V., Kashevarova A.A., Gridina M.M., Lopatkina M.E., Khabarova A.A., Yakovleva Yu.S., Menzorov A.G., Minina Yu.A., Pristyazhnyuk I.E., Vasilyev S.A., Fedotov D.A., Serov O.L., Lebedev I.N. Complex biology of constitutional ring chromosomes structure and (in)stability revealed by somatic cell reprogramming // Scientific Reports. 2021. № 11. P. e4325. doi:10.1038/s41598-021-83399-3.

5. Vasilyev S.A., Skryabin N.A., Kashevarova A.A., Tolmacheva E.N., Savchenko R.R., Vasilyeva O.Yu., Lopatkina M.E., Zarubin A.A., Fishman V.S., Belyaeva E.O., Filippova M.O., Shorina A.R., Maslennikov A.B., Shestovskikh O.L., Gayner T.A., Čulić V., Vulić R., Nazarenko L.P., Lebedev I.N. Differential DNA methylation of IMMP2L gene in families with maternally inherited 7q31.1 deletions associated with intellectual disability and developmental delay // Cytogenetic and genome research. 2021. V. 161. № 3-4. P. 105-119. doi: 10.1159/000514491.

6. Kashevarova A.A., Nikitina T.V., Mikhailik L.I., Belyaeva E.O., Vasilyev S.A., Lopatkina M.E., Fedotov D.A., Fonova E.A.., Zarubin A.A., Sivtsev A.A., Skryabin N.A., Nazarenko L.P., Lebedev I.N. 46,XY,r(8)/45,XY,-8 mosaicism as a possible mechanism of the imprinted Birk-Barel syndrome: A case study // Genes. 2020. V. 11(9). P. e1473. doi.org/10.3390/genes11121473.

7. Tolmacheva E.N., Kashevarova A.A., Nazarenko L.P., Minaycheva L.I., Skryabin N.A., Lopatkina M.E., Nikitina T.V., Sazhenova E.A., Belyaeva E.O., Fonova E.A., Salyukova O.A., Tarabykin V.S., Lebedev I.N. Delineation of clinical manifestations of the inherited Xq24 microdeletion segregating with skewed X-chromosome inactivation in mothers: two novel cases with distinct phenotypes ranging from UBE2A intellectual deficiency syndrome to recurrent pregnancy loss // Cytogenetic and Genome Research. 2020. V. 160. № 5. P. 245-254. doi: 10.1159/000508050.

8. Gridina M.M., Nikitina T.V., Orlova P.A., Minina J.M., Kashevarova A.A., Yakovleva Yu.S., Lopatkina M.E., Vasilyev S.A., Fedotov D.A., Mikhailik L.I., Nazarenko L.P., Lebedev I.N., Serov O.L. Establishment of an induced pluripotent stem cell line (ICGi025-A) from fibroblasts of a patient with 46,XY,r(8)/45,XY,–8 mosaicism // Stem Cell Research. 2020. doi: 10.1016/j.scr.2020.102024.

9. Gridina MM, Nikitina TV, Pristyazhnyuk IE, Kashevarova AA, Lopatkina ME, Vasilyev SA, Nazarenko LP, Lebedev IN, Serov OL. Generation of the induced pluripotent stem cell line, ICAGi002-A, from unaffected carrier megabase scaled duplication involving the CNTN6 gene // Stem Cell Research. 2019. doi: 10.1016/j.scr.2019.101556.

10. Kashevarova AA, Belyaeva EO, Nikonov AM, Plotnikova OV, Skryabin NA, Nikitina TV, Vasilyev SA, Yakovleva YS, Babushkina NP, Tolmacheva EN, Lopatkina ME, Savchenko RR, Nazarenko LP, Lebedev IN. Compound phenotype in a girl with r(22), concomitant microdeletion 22q13.32-q13.33 and mosaic monosomy 22 // Molecular Cytogenetics. 2018. doi: 10.1186/s13039-018-0375-3

11. Kashevarova AA, Nazarenko LP, Skryabin NA, Nikitina TV, Vasilyev SA, Tolmacheva EN, Lopatkina ME, Salyukova OA, Chechetkina NN, Vorotelyak EA, Kalabusheva EP, Fishman VS, Kzhyshkowska J, Graziano C, Magini P, Romeo G, Lebedev IN. A mosaic intragenic microduplication of LAMA1 and a constitutional 18p11.32 microduplication in a patient with keratosis pilaris and intellectual disability // American Journal of Medical Genetics. Part A. 2018. doi: 10.1002/ajmg.a.40478.

12. Gridina MM, Matveeva NM, Fishman VS, Menzorov AG, Kizilova HA, Beregovoy NA, Kovrigin II, Pristyazhnyuk IE, Oscorbin IP, Filipenko ML, Kashevarova AA, Skryabin NA, Nikitina TV, Sazhenova EA, Nazarenko LP, Lebedev IN, Serov OL. Allele-Specific Biased Expression of the CNTN6 Gene in iPS Cell-Derived Neurons from a Patient with Intellectual Disability and 3p26.3 Microduplication Involving the CNTN6 Gene // Molecular Neurobiology. 2018 Aug;55(8):6533-6546. doi: 10.1007/s12035-017-0851-5.

13. Lebedev I.N., Nazarenko L.P., Skrayabin N.A., Babushkina N.P., Kashevarova A.A. A de novo microtriplication at 4q21.21-q21.22 in a patient with a vascular malignant hemangioma, elongated sigmoid colon, development delay, and absence of speech // American Journal of Medical Genetics. Part A. 2016. V. 170A. № 8. P. 2089-2096. doi: 10.1002/ajmg.a.37754.

14. Kashevarova AA, Nazarenko LP, Skryabin NA, Salyukova OA, Chechetkina NN, Tolmacheva EN, Sazhenova EA, Magini P, Graziano C, Romeo G, Kučinskas V, Lebedev IN. Array CGH analysis of a cohort of Russian patients with intellectual disability. Gene. 2014; 536(1):145-50. doi: 10.1016/j.gene.2013.11.029.

15. Kashevarova A.A., Nazarenko L.P., Schultz-Pedersen S. et al. Single gene microdeletions and microduplication of 3p26.3 in three unrelated families: CNTN6 as a new candidate gene for intellectual disability // Molecular Cytogenetics. 2014. 7(1):391. doi: 10.1186/s13039-014-0097-0.