Основная область исследований связана с изучением структурной и эпигенетической вариабельности генома соматических клеток в онтогенезе и при возраст-ассоциированных многофакторных заболеваниях. Полученные знания имеют как фундаментальное значение - дополняют имеющиеся представления относительно молекулярно-генетических механизмов формирования локальной предрасположенности к патологии с позиций соматического мутагенеза, так и прикладное - результаты исследований могут быть использованы для идентификации новых патофизиологических путей и специфических мишеней в отношении профилактики, диагностики и лечения многофакторных заболеваний.

Является автором и соавтором около 300 научных публикаций.

Основные результаты интеллектуальной деятельности включают 3 патента и 2 программы для ЭВМ.

Под ее руководством защищены 3 кандидатские диссертации на соискание ученой степени кандидат медицинских наук по специальности «Генетика».

Работы, в которых Назаренко М.С. являлась руководителем и ответственным исполнителем, являются основной научной темой лаборатории, поддержаны грантами различных фондов ФЦП, РФФИ и РНФ.

 В лаборатории, руководит которой Назаренко М.С., выполняются поисковые научные исследования, связанные с улучшением молекулярно-генетической диагностики наследственных болезней с помощью массового параллельного и мономолекулярного секвенирования, цифровой ПЦР.

Имеет аккредитацию по специальности лабораторная генетика и с 2019 года принята на должность врача-лабораторного генетика в клинико-диагностическую лабораторию Медико-генетического центра (Генетическая клиника) по совмещению.

Научная работа отмечена наградами, дипломами, грамотами благодарностями:

Премия Томской областной администрации в сфере образования и науки (2011 г.) и Международной академической издательской компании «Наука/Интерпериодика» (2013 г.),

Диплом за 3 место конкурса на лучшую российскую инновационную медицинскую технологию по медико-биологическому направлению на Первой Всероссийской научной конференции молодых учёных-медиков «Инновационные технологии в медицине XXI века» (2012 г.),

Диплом III степени за лучший устный доклад на VI Съезде Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС) и ассоциированных генетических симпозиумов (2014 г.),

Почетные грамоты администрации г. Томска и Томской области (2011г, 2015г., 2017г.), президиума Сибирского отделения РАН (2017 г.),

Благодарность Совета ректоров вузов (2016г., 2019г.),

Благодарность Министерства науки и высшего образования РФ (2021г.),

Благодарность департамента здравоохранения Томской области (2022г.),

Почетная грамота РАН (2024 г.).

Является членом: ученого совета и диссертационного совета 24.1.215.03 при ФГБНУ «ТНИМЦ», Вавиловского общества генетиков и селекционеров, Российского общества медицинских генетиков, Европейского общества генетиков человека, Национального общества по изучению атеросклероза, Европейского Общества по проблемам атеросклероза.

1. Королёва Ю.А., Слепцов А.А., Назаренко М.С. Некодирующие РНК и заболевания / под ред. академика РАН В.П. Пузырева. Вып. 18. Сер. Наследственность и здоровье. - Новосибирск: «Академиздат», 2025. 80 с.

2. Сваровская М.Г., Назаренко М.С., Деменева В.В., Лебедев И.Н. Курс медицинской генетики для билингвалов / под ред. академика РАН В.П. Пузырева. Вып. 17. Сер. Наследственность и здоровье. - Томск: Издательство СибГМУ, 2025. 223 с.

3. Kucher A.N., Koroleva I.A., Nazarenko M.S. Exploring Disparities of Atherosclerosis Comorbidity with Aortic Aneurysm. // Biomedicines. 2025. 13, 593. https://doi.org/10.3390/biomedicines13030593.

4. Goncharova I.A., Shipulina S.A., Sleptcov A.A., Zarubin A.A., Valiakhmetov N.R., Panfilov D.S., Lelik E.V., Saushkin V.V., Kozlov B.N., Nazarenko L.P., Nazarenko M.S. Identification of variants of uncertain significance in the genes associated with thoracic aortic disease in Russian patients with nonsyndromic sporadic subtypes of the disorder // International Journal of Molecular Sciences. 2024 Jul 30;25(15):8315. DOI: 10.3390/ijms25158315.

5. Zakharova I.S., Shevchenko A.I., Arssan M.A., Sleptcov A.A., Nazarenko M.S., Zarubin A.A., Zheltysheva N.V., Shevchenko V.A., Tmoyan N.A., Saaya S.B., Kukharchuk V.V., Parfyonova Y.V., Zakian S.M. iPSC-Derived Endothelial Cells Reveal LDLR Dysfunction and Dysregulated Gene Expression Profiles in Familial Hypercholesterolemia // International Journal of Molecular Sciences. 2024. V. 25, No. 2. P. 689. DOI: 10.3390/ijms25020689.

6. Goncharova I.A., Zarubin A.A., Shipulina S.A., Koroleva Iu.A., Panfilov D.S., Kozlov B.N., Nazarenko M.S. DNA Methylation Profiling in Aneurysm and Comorbid Atherosclerosis of the Ascending Aorta // Molecular Biology, 2024, V. 58, No. 3, pp. 439–449. https://doi.org/10.1134/S0026893324700079.

7. Королёва Ю.А., Гончарова И.А., Зарубин А.А., Шипулина С.А., Слепцов А.А., Панфилов Д.С., Козлов Б.Н., Назаренко М.С. Разнонаправленное изменение уровня метилирования CPG-сайтов в 5' регионе гена TBX20 в восходящей аорте при атеросклерозе и аневризме // Генетика. 2024. Т. 60. № 7. С. 100-106. DOI: 10.31857/S0016675824070091

8. Слепцов А.А., Назаренко М.С., Пузырев В.П. Общее в атеро и канцерогенезе: клональный гемопоэз. // Российский кардиологический журнал. 2023. 28(10), 5511. https://doi.org/10.15829/1560-4071-2023-5511.

9. Nazarenko M.S., Sleptsov A.A., Zarubin A.A., Salakhov R.R., Shevchenko A.I., Tmoyan N.A., Elisaphenko E.A., Zubkova E.S., Zheltysheva N.V., Ezhov M.V., Kukharchuk V.V., Parfyonova Y.V., Zakian S.M., Zakharova I.S. Calling and Phasing of Single-Nucleotide and Structural Variants of the LDLR Gene Using Oxford Nanopore MinION // International Journal of Molecular Sciences. 2023 Feb 24;24(5):4471. DOI: 10.3390/ijms24054471.

10. Nazarenko MS, Viakhireva IV, Skoblov MY, Soloveva EV, Sleptcov AA, Nazarenko LP. Meier-Gorlin Syndrome: Clinical Misdiagnosis, Genetic Testing and Functional Analysis of ORC6 Mutations and the Development of a Prenatal Test // International Journal of Molecular Sciences. 2022. 23(16), 9234. DOI: 10.3390/ijms23169234.

11. Гончарова И.А., Зарубин А.А., Бабушкина Н.П., Королева Ю.А., Назаренко М.С. Изменение профиля метилирования ДНК в ткани печени при прогрессировании HCV-индуцированного фиброза до гепатоцеллюлярной карциномы // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2023. Т. 27. № 1. С. 72-82 https://doi.org/10.18699/VJGB-23-10

12. Назаренко М.С., Слепцов А.А., Пузырев В.П. “Менделевский код” в генетической структуре широко распространенных многофакторных заболеваний // Генетика. 2022. Т. 58. № 10. С. 1101-1111. DOI: 10.31857/S0016675822100058.

13. Sleptcov A.A., Zarubin A.A., Bogaychuk P.M., Kuznetsov M.S., Kozlov B.N., Nazarenko M.S. Human exome sequence data in support of somatic mosaicism in carotid atherosclerosis // Data in brief. 2021. Dec 1;39:107656. DOI: :10.1016/j.dib.2021.107656.

14. Miroshnikova V.V., Panteleeva A.A., Pobozheva I.A., Razgildina N.D., Polyakova E.A., Markov A.V., Belyaeva O.D., Berkovich O.A., Baranova E.I., Nazarenko M.S., Puzyrev V.P., Pchelina S.N. ABCA1 and ABCG1 DNA methylation in epicardial adipose tissue of patients with coronary artery disease // BMC Cardiovascular Disorders. 2021. 21(1), 566. DOI: 10.1186/s12872-021-02379-7.

15. Кучер А.Н., Слепцов А.А., Назаренко М.С. Патогенетика кардиомиопатий // Генетика. 2023. Т. 59. № 6. С. 615-632. DOI: 10.31857/S0016675823050107.

16. Зарубин А.А., Маннанова К.В., Королёва Ю.А., Слепцов А.А., Кузнецов М.С., Козлов Б.Н., Назаренко М.С. Идентификация функционально значимых полиморфных вариантов в генах микроРНК при атеросклерозе сонных артерий // Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 3. С. 471-482. DOI: 10.31857/S0026898423030205.

17. Назаренко Л.П., Назаренко М.С., Салюкова О.Н., Лебедев И.Н. Генетические аспекты интеллектуальных нарушений / под ред. академика РАН В.П. Пузырева. Вып. 14. Сер. Наследственность и здоровье. -Томск: Литературное бюро, 2017. 68 с. ISВN 978-5-9908051-3-2

18. Королева Ю.А., Назаренко М.С., Кучер А.Н. Роль микроРНК в формировании нестабильности атеросклеротических бляшек // Биохимия. 2018. Т. 83. № 1. С. 34-46. doi: 10.1134/S0006297917110165. 

19. Слепцов А.А., Назаренко М.С., Пузырев В.П. Структурная вариабельность генома лейкоцитов и клеток артерий при атеросклерозе у человека // Российский кардиологический журнал. 2017. №10. С. 140-146. DOI:10.15829/1560-4071-2017-10-140-146. 

20. Назаренко М.С., Марков А.В., Королева Ю.А., Слепцов А.А., Казанцев А.Н., Барбараш О.Л., Пузырев В.П. Идентификация дифференциально метилированных генов, потенциально связанных с атеросклерозом у человека // Российский кардиологический журнал. 2017. № 10. С. 42-48. DOI:10.15829/1560-4071-2017-10-42-48. 

21. Nazarenko M.S., Sleptcov A.A., Lebedev I.N., Skryabin N.A., Markov A.V., Golubenko M.V., Koroleva I.A., Kazancev A.N., Barbarash O.L., Puzyrev V.P. Genomic structural variations for cardiovascular and metabolic comorbidity // Sci Rep. 2017. Jan 25;7:41268. doi:10.1038/srep41268.

22. Nazarenko MS, Markov AV, Lebedev IN, Freidin MB, Sleptcov AA, Koroleva IA, Frolov AV, Popov VA, Barbarash OL, Puzyrev VP. A comparison of genome-wide DNA methylation patterns between different vascular tissues from patients with coronary heart disease // PLoS One. 2015. 10(4), e0122601. 

23. Назаренко М.С., Марков А.В., Слепцов А.А. Генетические аспекты атеросклероза // Учебно-методическое пособие. Серия «Наследственность и здоровье». 2014. Вып. 11. Под ред. академика РАН, профессора В.П. Пузырева. -Томск: Печатная мануфактура,2014. – 72 с.

24. Слепцов А.А., Назаренко М.С., Лебедев И.Н., Скрябин Н.А., Фролов А.В., Попов В.А., Барбараш О.Л., Барбараш Л.С., Пузырёв В.П. Соматическая вариабельность генома в тканях сосудистой стенки и лейкоцитах периферической крови при атеросклерозе // Генетика. 2014. №8. С. 986-995. 

25. Назаренко М.С., Марков А.В., Лебедев И.Н., Слепцов А.А., Королева Ю.А., Фролов А.В., Барбараш О.Л., Барбараш Л.С., Пузырев В.П. Профиль метилирования локуса INK4b-ARF-INK4a при атеросклерозе // Генетика. 2013. Т. 49. № 6. С. 783-787. 

26. Назаренко М.С., Марков А.В., Лебедев И.Н., Слепцов А.А., Фролов А.В., Барбараш О.Л., Барбараш Л.С., Пузырев В.П. Профиль метилирования ДНК в тканях сосудистого русла при атеросклерозе // Молекулярная биология. 2013. Т. 47. № 3. С. 398-404. 

27. Назаренко Л.П., Назаренко М.С., Герасименко Н.Ю. Cиндром врождённой центральной гиповентиляции: описание случая с молекулярно-генетической верификацией // Медицинская генетика. 2012. Т. 11. № 1. С. 47-50. 

28. Назаренко М.С., Пузырев В.П., Лебедев И.Н., Фролов А.В., Барбараш О.Л., Барбараш Л. С. Профиль метилирования ДНК в области атеросклеротических бляшек человека // Молекулярная биология. 2011. Т. 45. № 4. С. 610-616. 

29. Перельмутер В. М., Завьялова М. В., Вторушин С. В., Слонимская Е. М., Крицкая Н. Г., Гарбуков Е. Ю., Литвяков Н. В., Стахеева М. Н., Бабышкина Н. Н., Малиновская Е. А., Денисов Е. В., Григорьева Е. С., Назаренко М. С., Сенников С. В., Горева Е. П., Козлов В. А., Воевода М. И., Максимов В. Н., Белявская В. А., Чердынцева Н. В. Генетические и клинико-патологические особенности рака молочной железы у больных с сохраненной менструальной функцией и в менопаузе // Успехи геронтологии. 2008. Т. 21. № 4. С. 643-653. 

30. Назаренко М.С., Пузырев В.П., Лебедев И.Н. Частоты полиморфизмов C677T и A1298C гена метилентетрагидро-фолатредуктазы (MTHFR) на раннем этапе индивидуального развития человека // Генетика. 2006.  Т. 42. № 5. С. 711-717.