Изучение причин эмбриональной гибели у человека. Исследован вклад однородительской дисомии и повышенной частоты соматических мутаций тетрануклеотидных повторяющихся последовательностей ДНК эмбриональную смертность у человека. Изучение генетических причин привычного невынашивания беременности (ПНБ), среди которых важное место занимают хромосомные аномалии, проведено на значительной по размерам выборке спонтанных абортусов. Сравнительный анализ частот аномальных кариотипов у спорадических абортусов и эмбрионов от женщин с ПНБ, показал, что у молодых женщин с ПНБ частоты аномальных кариотипов у эмбрионов меньше, чем при спорадических абортах.

Проведено изучение стабильности кариотипа индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК) от пациентов с хромосомными нарушениями, в рамках которого получены линии ИПСК с кольцевыми хромосомами 8, 13, 18 и 22, которые были использованы для исследований «поведения» кольцевых хромосом в активно пролиферирующих клетках. Были показаны различия в митотической стабильности различных кольцевых хромосом в ИПСК и обнаружена самопроизвольная коррекция кариотипа с кольцевой хромосомой 8 путем образования однородительской дисомии хромосомы 8.

В настоящее время апробируются различные методы получения клеточных моделей трофобластной линии, применимых для исследования значимости генетических вариантов в эмбриональной гибели у человека.

Принимает участие в выполнении научных проектов, поддержанных в рамках Федеральных целевых программ и Российским научным фондом.

Показано, что феномен однородительской дисомии не вносит значимого вклада в эмбриональную смертность у человека (Никитина и др., 2004). В рамках гранта РФФИ «Оценка частоты мутаций микросателлитных повторов ДНК при ранней эмбриональной гибели у человека» впервые были получены данные о высокой частоте соматических мутаций микросателлитных повторов в тканях спонтанных абортусов человека (Лебедев и др.,2006), тогда как статистически значимых отличий по частоте гаметических мутаций микросателлитов у супружеских пар со спонтанными абортами и родителей со здоровыми детьми обнаружено не было (Никитина, Назаренко, 2000; Никитина и др., 2005). Разработана математическая модель для оценки контаминации культур экстраэмбриональных фибробластов клетками матери (Nikitina et al., 2005). В помощь ординаторам и врачам генетикам и акушерам-гинекологам в 2013 году было издано учебно-методическое пособие «Цитогенетика нарушений эмбрионального развития человека» (Лебедев, Никитина, 2013).

Занимается анализом причин привычного невынашивания беременности (Никитина, Лебедев, 2014). Показано, что у молодых женщин вклад цитогенетической патологии эмбриона в привычное невынашивание достоверно ниже, чем при спорадических эмбриональных потерях. Было выявлено существование неслучайного распределения кариотипов абортусов у некоторых женщин (Nikitina et al., 2016, Никитина и др., 2018, Nikitina et al., 2020) и проведено сравнительное исследование частоты хромосомных аномалий при анэмбрионии и неразвивающейся беременности  (Никитина и др., 2023). Применение технологий молекулярного кариотипирования и гаплотипирования обнаружило хромосомные аномалии у 35% абортусов с предварительно установленным нормальным кариотипом по результатам цитогенетического анализа. Ранняя остановка развития сопровождается накоплением мозаичных хромосомных аномалий в производных внутренней клеточной массы, по сравнению с клетками плаценты (Essers et al., 2023). Проанализированы  различные подходы к моделированию развития трофобластной линии и получению стволовых клеток трофобласта (Nikitina, Lebedev 2022).

Получены линии фибробластов от пациентов с микроструктурными аберрациями. Исследование стабильности кариотипа индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (Никитина, Лебедев, 2018), в том числе генерированных из фибробластов пациентов с кольцевыми хромосомами (Nikitina et al., 2018a, Nikitina et al., 2018b) показало различия в митотической стабильности различных кольцевых хромосом в ИПСК, в том числе выявлен феномен самопроизвольной коррекции кариотипа с кольцевой хромосомой 8 (Nikitina et al., 2021).

Научные достижения отмечены: 

Почетной грамотой администрации г. Томска (2015 г.), 

Почетной грамотой Сибирского отделения РАН (2017). 

Имеет звание «Заслуженный ветеран труда» (2019 г.), 

Награждена Юбилейной медалью «300 лет Российской академии наук» в 2024 г.

1. Nikitina T.V., Lebedev I.N. Chapter 34: iPSC models of ring chromosomes, genome editing, and chromosome therapy  // Human Ring Chromosomes: A practical guide for clinicians and families. Springer. 2024. p.505-515 doi: 10.1007/978-3-031-47530-6_34. 

2. Essers R, Lebedev IN, Kurg A, Fonova EA, Stevens SJC, Koeck RM, von Rango U, Brandts L, Deligiannis SP, Nikitina TV, Sazhenova EA, Tolmacheva EN, Kashevarova AA, Fedotov DA, Demeneva VV, Zhigalina DI, Drozdov GV, Al-Nasiry S, Macville MVE, van den Wijngaard A, Dreesen J, Paulussen A, Hoischen A, Brunner HG, Salumets A, Zamani Esteki M. Prevalence of chromosomal alterations in first-trimester spontaneous pregnancy loss // Nature Medicine. 2023. 29(12), 3233-3242. doi: 10.1038/s41591-023-02645-5.

3. Т.В. Никитина, Е.А. Саженова, Е.Н. Толмачева, Н.Н. Суханова, С.А. Васильев, И.Н. Лебедев. Comparative cytogenetics of anembryonic pregnancies and missed abortions in human (Сравнительная цитогенетика анэмбрионии и неразвивающейся беременности у человека) // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2023. 27(1), 28-35. doi: 10.18699/VJGB-23-05.

4. Nikitina T.V., Lebedev I.N. Stem Cell-Based Trophoblast Models to Unravel the Genetic Causes of Human Miscarriages //  Cells (2022) 11(12):1923. doi: 10.3390/cells11121923.

5. Nikitina T.V.; Kashevarova A.A.; Gridina M.M.;  Lopatkina M.E.;  Khabarova A.A.;  Yakovleva Yu.S.;  Menzorov A.G.;  Minina Yu.A.;  Pristyazhnyuk I.E.;  Vasilyev S.A.;  Fedotov D.A.;  Serov O.L.;  Lebedev I.N.  Complex biology of constitutional ring chromosomes structure and (in)stability revealed by somatic cell reprogramming // Scientific Reports. 2021. 11(1), 4325. doi: 10.1038/S41598-021-83399-3.

6. T. V. Nikitina, E. A. Sazhenova, D. I. Zhigalina, E. N. Tolmacheva, N. N. Sukhanova, I. N. Lebedev. Karyotype evaluation of repeated abortions in primary and secondary recurrent pregnancy loss // J Assist Reprod Genet. 2020. 37, 517-525 doi: 10.1007/s10815-020-01703-y.

7. Никитина Т.В., Кашеварова А.А., Лебедев И.Н. Хромосомная нестабильность и коррекция кариотипа в индуцированных плюрипотентных стволовых клетках человека // Генетика. 2019. том 55. № 10. С. 1–15.

8. Nikitina T.V., Menzorov A.G., Kashevarova A.A., Gridina M.M., Khabarova A.A., Yakovleva Yu.S., Lopatkina M.E., Pristyazhnyuk I.E., Vasilyev S.A., Serov O.L., Lebedev I.N. Induced pluripotent stem cell line, IMGTi003-A, derived from skin fibroblasts of an intellectually disabled patient with ring chromosome 13 // Stem Cell Research. 2018a. Vol. 33. P. 260-264. doi: 10.1016/j.scr.2018.11.009.

9. Nikitina T.V., Menzorov A.G., Kashevarova A.A., Gridina M.M., Khabarova A.A., Yakovleva Yu.S., Lopatkina M.E., Kizilova E.A., Vasilyev S.A., Serov O.L., Lebedev I.N. Generation of two iPSC lines (IMGTi001-A and IMGTi001-B) from human skin fibroblasts with ring chromosome 22. // Stem Cell Research. 2018. V.31. P.244–248.

10. Никитина Т.В., Жигалина Д.И., Саженова Е.А., Толмачева Е.Н., Скрябин Н.А., Лебедев И.Н. Неслучайное  распределение кариотипов эмбрионов у женщин с привычным  невынашиванием беременности // Медицинская генетика. 2018.  Т.17. N 1. С. 50-56.

11. Никитина Т.В., Лебедев И.Н. Регуляция стабильности кариотипа в индуцированных плюрипотентных стволовых клетках человека // Цитология. 2018. т.60, N6, С.403-416.

12. Nikitina T.V., Sazhenova E.A., Tolmacheva E.N., Sukhanova N.N., Kashevarova A.A., Skryabin N.A., Vasilyev S.A., Nemtseva T.N., Yuriev S.Y., Lebedev I.N. Comparative cytogenetic analysis of spontaneous abortions in recurrent and sporadic pregnancy losses // Biomedicine Hub. 2016. 1:446099. doi: 10.1159/000446099.

13. Никитина Т.В., Лебедев И.Н. Цитогенетика привычного невынашивания беременности // Генетика, 2014, том 50, № 5, с. 501–514.

14. Никитина Т.В., Кашеварова А.А., Скрябин Н.А., Чечеткина Н.Н., Мельников А.А., Лебедев И.Н. Молекулярное кариотипирование (aCGH) как современный подход к исследованию причин невынашивания беременности // Медицинская генетика. 2013. Том 12, № 1. С. 26-35.

15. Лебедев И.Н., Никитина Т.В. Цитогенетика нарушений эмбрионального развития человека (Наследственность и здоровье): учебно-методическое пособие – Томск: Изд-во «Печатная мануфактура», 2013. – 124с.

16. Лебедев И.Н., Никитина Т.В., Токарева А.Г., Суханова Н.Н., Назаренко С.А. Патогенетические эффекты нестабильности эмбрионального генома в развитии человека // Вавиловский журнал генетики и селекции. 2006. Т. 10. № 3. С. 520-530.

17. Nikitina T.V., Lebedev I.N., Sukhanova N.N., Sazhenova E.A., Nazarenko S.A. A mathematical model for evaluation of maternal cell contamination in cultured cells from spontaneous abortions: significance for cytogenetic analysis of prenatal selection factors // Fertility Sterility. 2005. V.83. № 4. P. 964-972.

18. Никитина Т.В., Лебедев И.Н., Суханова Н.Н., Назаренко С.А. Гаметические мутации тетрануклеотидных повторов ДНК в норме и патологии раннего периода онтогенеза человека // Генетика. 2005. Т. 41. № 7. С. 770-778.

19. Никитина Т.В., Саженова Е.А., Суханова Н.Н., Лебедев И.Н., Назаренко С.А. Оценка роли однородительской дисомии в ранней эмбриональной летальности человека // Онтогенез. 2004. Т.35. № 4. С.238-246.

20. Lebedev I.N., Ostroverkhova N.V., Nikitina T.V., Sukhanova N.N., Nazarenko S.A. Features of chromosomal abnormalities in spontaneous abortion cell culture failures detected by Interphase FISH analysis // European Journal of Human Genetics. 2004. V. 12. №7. P. 513-520.