Идентификация функционально значимых полиморфных вариантов в генах микроРНК при атеросклерозе сонных артерий

МикроРНК, участвующие в регуляции экспрессии генов, вовлечены в патогенез широкого спектра многофакторных заболеваний, в том числе атеросклероза, его факторов риска и осложнений, что делает актуальным изучение функционально значимых полиморфных вариантов в генах микроРНК у пациентов с клинически выраженным атеросклерозом сонных артерий. Нами проведено секвенирование экзомов и микроРНК из одних и тех же образцов атеросклеротических бляшек сонных артерий мужчин (n = 8, возраст 66‒71 лет) с клинически выраженным атеросклерозом. В подтверждающем исследовании использовали расширенную выборку из 112 пациентов и 72 индивидов контрольной группы (этнических славян, жителей Западной Сибири). В образцах сонных артерий, пораженных атеросклерозом, обнаружены 206 пре-микроРНК и 76 зрелых микроРНК, содержащих 321 и 97 однонуклеотидных вариантов (SNV) соответственно. Объединение данных секвенирования экзомов и микроРНК показало, что 18 генов микроРНК, которые экспрессируются в атеросклеротических бляшках до зрелого состояния, несут 24 SNV. Из них наибольшей потенциальной функциональной значимостью в отношении экспрессии микроРНК, предсказанной in silico, обладали варианты rs2910164:C>G (MIR146A), rs2682818:A>C (MIR618), rs3746444:A>G (MIR499A), rs776722712:C>T (MIR186) и rs199822597:G>A (MIR363). В образцах, полученных от пациентов с генотипом АС rs2682818 гена MIR618, выявлено снижение уровня экспрессии miR-618 по сравнению с генотипом СС (log2 FC = 4.8; p = 0.012). Обнаружено, что rs2910164:C (MIR146A) ассоциирован с риском развития клинически выраженного атеросклероза сонных артерий (OR = 2.35; 95%CI: 1.43‒3.85; p = 0.001). Интегративный подход позволил выявить новые наиболее информативные с точки зрения предсказания функциональной значимости полиморфные варианты в генах микроРНК. Вариант rs2682818:A>C (MIR618) может быть связан с изменением экспрессии miR-618 в атеросклеротических бляшках сонных артерий, а rs2910164:C (MIR146A) ассоциирован с риском развития клинически выраженного атеросклероза.

Читать в источнике