Валидация результатов полногеномных ассоциативных исследований туберкулеза у русских Западной Сибири

При развитии туберкулезной инфекции большую роль играет генетически опосредованная способность хозяина давать адекватный иммунный ответ на патоген. Полногеномные исследования ассоциаций, выполненные в различных популяциях, показали связь ряда хромосомных регионов с развитием туберкулеза (ТБ). Вместе с тем полная характеристика факторов генетической чувствительности к заболеванию остается пока нерешенной задачей, а выявленные ассоциации далеко не всегда повторяются при исследованиях в других популяциях. Проанализированы 45 одно-нуклеотидных полиморфных вариантов (SNP) у 768 человек, включая 323 больных туберкулезом и 445 здоровых индивидов. Анализ ассоциаций туберкулеза с генетическими маркерами проведен с помощью логистической регрессии. Для учета множественных сравнений использовали пермута-ции. Номинальная статистически значимая ассоциация с туберкулезом выявлена для двух SNP: rs10515787 (интронный вариант гена EBF1) и rs10956514 (интронный вариант гена ASAP1) (p = 0.005 и 0.049 соответственно); после проведения пермутационного теста сохранилась лишь одна из ассоциаций - для rs10515787 (p = 0.003). Таким образом, у русских г. Томска подтверждена ассоциация rs10515787 в гене EBF1 с развитием туберкулеза. Однако результаты настоящего исследования определяют редкий аллель A как рисковый для развития ТБ, в то время как в более раннем исследовании он указан в качестве протективного в отношении риска развития туберкулеза. Выявленная ""инверсия ассоциации"" представляет собой интересный факт, требующий дополнительных исследований.

Читать в источнике