Основная область исследований в настоящее время касается изучения генетических основ многофакторных заболеваний различной этиологии. Бабушкина Н.П. является автором 1 монографии и более 100 статей, в том числе опубликованных в ведущих отечественных журналах («Генетика», «Медицинская генетика», «Молекулярная биология» и др.) и в зарубежных («Tuberculosis», «American Journal of Medical Genetics Part A», «Meta Gene», «Molecular Cytogenetics», «Biomedical Genetics and Genomics», «Journal of Molecular Biology Research»), 42 из них индексируется в базе данных Scopus, 44 – в Web of Science CC, 17 – находятся в базе PubMed.

Бабушкина Н.П. в разные годы была исполнителем ряда договорных тематик (2) и грантовых исследований (РФФИ -6, ФЦП – 4, НОЦ – 1, РНФ - 2).

Бабушкина Н.П. является членом РОМГ и ВОГИС. Исследования Н.П. Бабушкиной отмечены Медалью за лучшую научную работу молодого ученого на Международной молодежной научно-методической конференции «Проблемы молекулярной и клеточной биологии», Томск (2007); грантом Фонда содействия отечественной медицине (2008); Благодарностью администрации Томской области (2017), Почетной грамотой администрации г. Томска (2017), Почетной грамотой Президиума Сибирского отделения РАН (2022), Почетной грамотой администрации Томской области (2024), Медалью к 300-летию Российской академии наук (2024); является Лауреатом конкурса томской области в сфере образования, науки, здравоохранения и культуры в составе коллектива лаборатории популяционной генетики Томск, (2011).

Патент

Голубенко М.В., Бабушкина Н.П., Буйкин С.В., Глушкова М.Е., Харьков В.Н., Степанов В.А. «Набор синтетических олигонуклеотидных проб для определения генотипа митохондриальной ДНК человека» Патент на изобретение №2652895 от 03.05.2018

База данных

Бабушкина Н.П., Кучер А.Н., Пузырев В.П. «База данных  частот аллелей и генотипов полиморфных вариантов генов-кандидатов МФЗ». Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2015621745 от 08.12.2015 г.

Монография

Рудко А.А., Брагина Е.Ю., Бабушкина Н.П., Гараева А.Ф., Фрейдин М.Б. Генетические факторы подверженности туберкулезу. Издательства Сибирского отделения Российской академии наук (2017 г.) 120 с.

Важнейшие публикации:

1.        Кучер А.Н., Бабушкина Н.П., Брагина Е.Ю., Ан А.Р., Рудко А.А., Фрейдин М.Б., Пузырев В.П. Изменчивость полиморфных вариантов генов интерлейкинов и их рецепторов у представителей четырех этнических групп сибирского региона // Медицинская генетика. 2009. Т. 8. № 10. С. 43-52.

2.         Кучер А.Н., Бабушкина Н.П., Тарасенко Н.В., Голубенко М.В., Назаренко М.С., Конева Л.А., Еремина Е.Р., Пузырев В.П. Изменчивость полиморфных вариантов генов факторов некроза опухоли и их рецепторов у представителей четырех этнических групп сибирского региона // Медицинская генетика. 2010. Т. 9. № 6. С. 16-23.

3.         Пузырев В.П., Кучер А.Н., Бабушкина Н.П., Голубенко М.В., Брагина Е.Ю., Назаренко М.С., Тарасенко Н.В., Гончарова И.А., Рудко А.А., Еремина Е.Р., Фрейдин М.Б., Маркова В.В., Боткина О.Ю., Половкова О.Г., Жейкова Т.В., Ан А.Р. Анализ мультилокусных генотипов, гаплотипов и оценка параметров неравновесия по сцеплению по полиморфным вариантам генов-кандидатов многофакторных заболеваний в сибирских популяциях // Медицинская генетика. 2011. Т. 10. № 2 (104). С. 36-48.

4.         Бабушкина Н.П., Буйкин С.В., Боткина О.Ю., Маркова В.В., Жейкова Т.В., Голубенко М.В., Брагина Е.Ю., Назаренко М.С., Макеева О.А., Тарасенко Н.В., Чепа М.В., Гончарова И.В., Кучер А.Н., Пузырев В.П. Анализ полиморфизма генов подверженности к многофакторным заболеваниям человека в онтогенетическом аспекте // Медицинская генетика. 2012. Т. 11. № 11 (125). С. 21-31.

5.         Гончарова И.А., Бабушкина Н.П., Минайчева Л.И., Маркова В.В., Кулиш Е.В., Салахов Р.Р., Макеева О.А., Пузырев В.П. Распространенность аллелей полиморфных вариантов LEU33PRO и LEU66ARG гена ITGB3 у жителей сибирского региона // Генетика. 2013. Т. 49. № 8. С. 1008.

6.         Кучер А.Н., Бабушкина Н.П., Буйкин С.В., Пузырев В.П. Плейотропные эффекты генов предрасположенности многофакторным заболеваниям // Молекулярная медицина. 2013. № 2. С. 13-23.

7.         Rudko A.A., Garaeva A.F., Bragina E.Y., Babushkina N.P., Puzyrev V.P., Freidin M.B., Kolokolova O.V., Lipaenkova O.N. Mutations in genes underlying atypical familial mycobacteriosis are not found in tuberculosis patients from siberian populations // Tuberculosis. 2015. Т. 95. № 2. С. 204-207.

8.         Бабушкина Н.П., Брагина Е.Ю., Буйкин С.В., Салтыкова И.В., Назаренко М.С., Тарасенко Н.В., Кулиш Е.В., Маркова В.В., Половкова О.Г., Кучер А.Н. Ассоциации полиморфных вариантов генов подверженности бронхиальной астме // Медицинская генетика. 2015. Т. 14. № 5 (155). С. 28-36.

9.         Бабушкина Н.П., Буйкин С.В., Брагина Е.Ю., Тарасенко Н.В., Рудко А.А., Кучер А.Н. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов-кандидатов многофакторных заболеваний с туберкулезом легких // Туберкулез и болезни легких. 2015. № 10. С. 10-19.

10.       Garaeva A.F., Babushkina N.P., Rudko A.A., Goncharova I.A., Bragina E.Yu., Freidin M.B. Differential genetic background of primary and secondary tuberculosis in Russians // Meta Gene. 2017. № 11 P. 178–180 http://dx.doi.org/10.1016/j.mgene.2016.10.008

11.       Бабушкина Н.П., Брагина Е.Ю., Гараева А.Ф., Гончарова И.А., Рудко А.А., Цитриков Д.Ю., Гомбоева Д.Е, Фрейдин М.Б. Валидация результатов полногеномных ассоциативных исследований туберкулеза у русских Западной Сибири // Генетика. 2018. Т. 54. № 1. С. 109-116. DOI: 10.7868/S0016675818010022

12.       Бабушкина Н.П., Кучер А.Н., Брагина Е.Ю., Гараева А.Ф., Гончарова И.А., Рудко А.А., Цитриков Д.Ю., Гомбоева Д.Е., Фрейдин М.Б. Этнический и географический аспекты распространенности полиморфных вариантов генов, ассоциированных с туберкулезом. // Генетика. 2018. Т. 54. №. 9 С. 1068-1080 DOI: 10.1134/S0016675818090035

13.       Bragina E.Yu., Babushkina N.P., Garaeva A.F., Rudko A.A., Tsitrikov D.Yu., Gomboeva D.E., Freidin M.B. Impact of the Polymorphism of the PACRG and CD80 Genes on the Development of the Different Stages of Tuberculosis Infection // Iran J Med Sci. 2019. V. 44. № 3. P. 236-344 DOI: 10.30476/IJMS.2019.44979

14.       Бабушкина Н.П., Постригань А.Е., Кучер А.Н. Вовлеченность генов белков BRСA1-ассоциированного комплекса наблюдения за геномом (BASC) в развитие многофакторной патологии // Молекулярная биология. 2021, Т. 55, № 2. С. 318–337 DOI: 10.31857/S0026898421020038

15.       Салахов Р.Р., Голубенко М.В., Павлюкова Е.Н., Кучер А.Н., Бабушкина Н.П., Валиахметов Н.Р., Марков А.В., Беляева Е.О., Канев А.Ф., Назаренко М.С. Опыт молекулярно-генетической диагностики гипертрофической кардиомиопатии с использованием нанопорового секвенирования ДНК // Российский кардиологический журнал. 2021. Т. 26. № 10 С.36-41 doi:10.15829/1560-4071-2021-4673

16.       Salakhov R.R., Golubenko M.V., Valiakhmetov N.R., Pavlyukova E.N., Zarubin A.A., Babushkina N.P., Kucher A.N., Sleptcov A.A., Nazarenko M.S. Application of Long-Read Nanopore Sequencing to the Search for Mutations in Hypertrophic Cardiomyopathy // Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 15845. https://doi.org/10.3390/ijms232415845

17.       Бабушкина Н.П., Никитина М.А., Брагина Е.Ю., Алифирова В.М., Постригань А.Е., Девяткина Е.А., Гомбоева Д.Е., Назаренко М.С. Ассоциации генов систем репарации ДНК с болезнью Паркинсона // Acta biomedica scientifica. 2022. 7(6). С. 12-21 doi: 10.29413/ABS.2022-7.6.2

18.       Бабушкина Н.П., Кучер А.Н. Регуляторный потенциал SNP-маркеров в генах, кодирующих белки систем репарации ДНК // Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 1 С.24-46 DOI 10.31857/S0026898423010032

19.       Бабушкина Н.П., Зарубин А.А., Королёва Ю.А., Гомбоева Д.Е., Брагина Е.Ю., Гончарова И.А., Голубенко М.В., Салахов Р.Р., Слепцов А.А., Кузнецов М.С., Козлов Б.Н., Муслимова Э.Ф., Афанасьев С.А., Кучер А.Н., Назаренко М.С. Метилирование регуляторных регионов генов системы репарации ДНК при атеросклерозе сонных артерий // Молекулярная биология. 2023. Т. 57. № 4. С. 647-664. DOI: 10.31857/S002689842304002X

20.       Belyaeva E.O., Minaycheva L.I., Sivokha V.M., Kraeva L.S., Torkhova N.B., Lopatkina M.E., Fonova E.A., Zarubin A.A., Babushkina N.P., Lebedev I.N. A novel missense heterozygous MACF1 variant in a patient with global developmental delay, lissencephaly and drug‑resistant epilepsy // Discover Medicine. 2025. V.2 № 43. https://doi.org/10.1007/s44337-025-00243-7