Основные работы Марусина А.В. лежат в области изучения генетики количественных признаков и медицинской генетики многофакторных заболеваний. В области научных интересов находятся исследования генетических, адаптивных и эволюционных процессов в популяциях человека. Междисциплинарные исследования в биологической, социальной антропологии и этнологии, изучение древней ДНК, транскультуральная аддиктология, генетика поведения, генетика нейропсихических и нейропсихиатрических болезней. В последнее время наибольший интерес вызывает биоинформационный анализ результатов полноэкзомного секвенирования методами нового поколения (NGS).

Марусин А.В. является автором и соавтором более 100 научных публикаций. Руководитель (Р) и исполнитель (И) следующих проектов:
00-04-48506-а "Происхождение и эволюция линий Y-хромосомы у народов алтайской языковой семьи" (РФФИ, И);
02-04-49166-а "Характеристика генофонда популяций Северной Евразии с помощью полиморфных Alu-инсерций" (РФФИ, И);
03-04-49021-а "Филогеография линий Y-хромосомы в Сибири и Средней Азии" (РФФИ, И); 05-04-98007-р_обь_а "Изучение молекулярно-генетических основ подверженности и разработка тест-системы диагностики алкоголизма в Сибирcком регионе" (РФФИ, Р);
06-04-08326-офи "Разработка методов геномной диагностики подверженности к болезням сердечно-сосудистого континуума" (РФФИ, И);
06-04-48274-а "Эволюция и филогеография линий Y-хромосомы человека у населения Северной Евразии" (РФФИ, И);
07-04-01629-а "Архитектура неравновесия по сцеплению, эволюция гаплотипов и генетическое разнообразие участков генома человека различной локализации в популяциях Евразии" (РФФИ, И);
09-04-92665-ИНД_а "Происхождение и расселение индоевропейцев: филогеография Y-хромосомной гаплогруппы R1a1" (РФФИ, И);
09-04-99028-р_офи "Оценка эффективности предиктивных генетических тестов и разработка экспертной системы прогнозирования развития осложненного течения беременности в популяциях различного этнического происхождения" (РФФИ, И);
09-04-99083-р_офи "Генетические факторы в этиологии и патогенезе алкоголизма у населения Западной Сибири" (РФФИ, Р);
11-04-98069-р_сибирь_а "Структура неравновесия по сцеплению и эволюция гаплотипов генов серотонинергической системы в популяциях Западно-Сибирского региона: взаимосвязь с психодиагностическими признаками в русской популяции Томской области" (РФФИ, Р);
12-04-00595-а "Этническая геномика нейропсихиатрических заболеваний в популяциях России" (РФФИ, И);
14-04-01467-а "Выявление этно-популяционных характеристик подверженности к преэклампсии в популяциях России с использованием подходов геномики и транскриптомики" (РФФИ, И);
ADAMS—Genomic variations underlying common behavior diseases and cognition trait in human populations. Seventh Framework Programme of the European Union FP7-HEALTH-2009. 2009-2012. Grant # 242257 (И);
16-15-00020 "Генетические основы вариабельности когнитивных функций у людей пожилого возраста и у пациентов с болезнью Альцгеймера" (РНФ, И).

1. Сваровская М.Г., Степанова С.К., Марусин А.В., Сухомясова А.Л., Максимова Н.Р., Степанов В.А. Анализ CTG-повторов в гене DMPK в популяциях Якутии, Сибири и Средней Азии // Медицинская генетика. - 2015. - Т.14, №7 (157). - С.17-21.

2. Степанов В.А., Бочарова А.В., Садуакасова К.З., Марусин А.В., Конева Л.А., Вагайцева К.В., Святова Г.С. Репликативное исследование подверженности шизофрении с ранним началом у казахов // Генетика. - 2015. - Т. 51, No 2.- С. 227–235. 

3. Марусин А. В., Куртанов Х. А., Максимова Н. Р. , Сваровская М. Г., Степанов В. А. Гаплотипический анализ локуса окулофарингеальной миодистрофии (ОФМД) в Якутии // Генетика. – 2016. – Т. 52, № 3. - С. 376–384.

4. Марусин А.В., Корнетов А.Н., Сваровская М.Г., Вагайцева К.В., Павленюк Е.С., Степанов В.А. Ассоциация генов подверженности к алкоголизму, шизофрении и болезни альцгеймера с психодиагностическими признаками в популяции русских // Бюллетень сибирской медицины. - 2016. - Т. 15, № 5. - С. 83-96.

5. Stepanov V., Marusin A., Vagaitseva K., Bocharova A., Makeeva O. Genetic variants in CSMD1 gene are associated with cognitive performance in normal elderly population // Genetics Research International. - 2017. - Т. 2017. - С. 6293826.

6. Triska P., Chekanov N., Stepanov V., Khusnutdinova E.K., Kumar G.P.A., Akhmetova V., Babalyan K., Boulygina E., Kharkov V., Gubina M., Khidiyatova I., Khitrinskaya I., Khrameeva E.E., Khusainova R., Konovalova N., Litvinov S., Marusin A., Mazur A.M., Puzyrev V., Ivanoshchuk D. et al. Between lake Baikal and the Baltic sea: genomic history of the gateway to Europe // BMC Genetics. - 2017. - Т. 1, № Suppl. 1. - С. 110.

7. Бочарова А.В., Степанов В.А., Марусин А.В., Харьков В.Н., Вагайцева К.В., Федоренко О.Ю., Бохан Н.А., Семке А.В., Иванова С.А. Анализ ассоциаций генетических маркеров шизофрении и ее когнитивных эндофенотипов // Генетика. - 2017. - Т. 53, № 1. - С. 100-108.

8. Bocharova A.V., Vagaitseva K.V., Makeeva O.A., Marusin A.V., Stepanov V.A. Frequencies of alleles, genotypes and haplotypes of two polymorphisms in the Clusterin gene in the Russian elderly population categorized by cognitive performance // Data in Brief. - 2018. Т. 16. - С. 775-779.

9. Stepanov V., Vagaitseva K.V., Bocharova A.V., Marusin A.V., Minaycheva L., Makeeva O., Markova V. Analysis of association of genetic markers in the LUZP2 and FBXO40 genes with the normal variability in cognitive performance in the elderly // International Journal of Alzheimer's Disease. - 2018. - Т. 2018. - С. 2686045.

10. Марусин А.В., Макеева О.А., Вагайцева К.В., Бочарова А.В., Сваровская М.Г., Салахов Р.Р., Степанов В.А. Ассоциация гена аполипопротеина Е с вариабельностью когнитивных способностей пожилых людей // Медицинская генетика. - 2018. - Т. 17, № 1. - С. 20-26.

11. Бочарова А.В., Марусин А.В., Макеева О.А., Жукова И.А., Жукова Н.Г., Алифирова В.М., Степанов В.А. Генетические варианты, связанные с нарушениями когнитивных функций человека, при болезни Альцгеймера // Медицинская генетика. - 2018. Т. 17, № 1. - С. 14-19.

12. Степанов В.А., Бочарова А.В., Вагайцева К.В., Марусин А.В., Маркова В.В., Минайчева Л.И., Жукова И.А., Жукова Н.Г., Алифирова В.М., Макеева О.А. Редкий вариант в гене сортилинподобного рецептора 1: связь с показателями когнитивных функций у пожилых // Журнал неврологии и психиатрии им. C.C. Корсакова. - 2018. - Т. 118, № 5. - С. 92-95.

13. Вагайцева К.В., Бочарова А.В., Марусин А.В., Колесникова Е.А., Макеева О.А., Степанов В.А. Разработка метода мультиплексного генотипирования полиморфных маркеров генов, ассоциированных с когнитивными способностями // Генетика. - 2018. - Т. 54, № 6. - С. 719-726.

14. Минайчева Л.И., Брагина Е.Ю., Жалсанова И.Ж., Чеснокова Н.А., Марусин А.В. Ассоциация генетических маркеров целиакии с репродуктивными нарушениями // Альманах клинической медицины. - 2019. - Т. 47, № 1. - С. 72-82.

15. Степанов В.А., Харьков В.Н., Вагайцева К.В., Хитринская И.Ю., Бочарова А.В., Колесников Н.А., Зарубин А.А., Попович А.А., Марусин А.В., Спиридонова М.Г., Триска П., Татаринова Т.В. Сигналы направленного отбора в популяциях народов Сибири и европейской части россии // Генетика. 2019. - Т. 55, № 10. - С. 1198-1207.