Влияние предварительной обработки образцов периферической крови человека на качество Hi-C библиотек

Метод захвата конформации хроматина в его полногеномном варианте (Hi-C) – мощный инструмент не только для выявления закономерностей пространственной организации генома, но и для понимания влияния их нарушения на развитие заболеваний. Кроме того, метод может быть использован для детекции хромосомных перестроек, в том числе сбалансированных транслокаций и инверсий. Применение метода Hi-C для поиска хромосомных перестроек получает все более широкое распространение. Это связано с тем, что современные высокопроизводительные методы анализа генома позволяют эффективно детектировать точечные мутации и несбалансированные хромосомные перестройки. Однако чувствительность этих методов для определения сбалансированных транслокаций и инверсий остается достаточно низкой. Хранение образцов цельной крови может влиять на количество и целостность выделяемой из них геномной ДНК, а кроме того, приводить к искажению результатов последующих анализов в том случае, если хранение осуществлялось в ненадлежащих условиях. Метод Hi-C крайне требователен к исходному материалу, так как необходимым условием для его успешного применения и получения качественных данных является сохранение пространственной укладки хроматина внутри ядра. Цель нашего исследования состояла в том, чтобы определить оптимальные условия хранения крови для проведения последующего анализа Hi-C. Были выбраны 10 различных условий хранения образцов крови и пробоподготовки. Для каждого условия приготовлены Hi-C библиотеки и отсеквенированы, после чего оценивалось качество полученных библиотек. В результате сформулированы требования к хранению и подготовке образцов, необходимые для получения качественных Hi-C данных. Нами установлен минимальный объем образца крови, достаточный для проведения Hi-C анализа. Помимо этого, мы определили способы выделения ядерных элементов крови и их долгосрочного хранения, наиболее подходящие для последующего проведения Hi-C анализа. Основное требование, сформулированное нами, – не замораживать цельную кровь.

Читать в источнике