Протокол полнотранскриптомного анализа децидуальных клеток плаценты

Появление технологий высокопроизводительного секвенирования позволило расширить наше представление о биологической значимости некодирующих участков генома человека. В последние годы появляется все больше исследований, посвященных изучению роли некодирующих РНК в развитии болезней, а также их участия в различных клеточных процессах. До настоящего времени все полнотранскриптомные исследования нативной плацентарной ткани с описанием области некодирующей РНК проводили без выделения отдельных клеточных популяций. Такой подход, ввиду высокой клеточной гетерогенности плацентарной ткани, существенно усложняет возможность определения молекулярно-биологических функций отдельных клеток и их роли в молекулярном патогенезе репродуктивных нарушений. В представленной работе предложена методика получения тотальной РНК из единичных децидуальных клеток замороженной плацентарной ткани, полученных с помощью технологии лазерной микродиссекции, для последующего секвенирования полного транскриптома, включая кластер некодирующих РНК. Данная методика может быть успешно использована при изучении полногеномного профиля экспрессии в других клеточных популяциях плаценты. Высокая точность результатов транскриптомного профилирования децидуальных клеток, полученных с помощью разработанной методики, дополнительно подтверждается интегративным анализом с данными эксперимента, выполненного на платформе 10х Genomics.

Читать в источнике