Программа ALLpred для предсказания аллергенности бактерий и архей

В настоящее время аллергические заболевания имеют широкое распространение. В связи с этим разработка компьютерных программ, предназначенных для предсказания аллергенных свойств белков - одна из актуальных задач современной биоинформатики. В данной работе создана web-версия программы AllPred (

http://www-bionet.sscc.ru/psd/cgi-bin/programs/Allpred/allpred.cgi), предназначенной для оценки аллергенности белков с учетом характеристик их пространственной структуры. С использованием разработанной программы проведено предсказание аллергенности белков 462 видов архей и бактерий, для которых доступны полногеномные данные. Проведенный анализ показал, что предсказанные аллергены встречаются чаще среди белков архей, чем среди белков бактерий. Разделение белков на группы по их внутриклеточной локализации показало наиболее частую встречаемость аллергенов среди секретируемых белков. Применение методов предсказания уровня экспрессии генов микроорганизмов на основе анализа последовательностей ДНК позволило обнаружить статистически значимую зависимость между уровнем экспрессии и предсказанной аллергенностью белков. Оказалось, что аллергенные белки чаще встречаются среди высокоэкспрессирующихся. При разбиении микроорганизмов на патогенные и непатогенные оказалось, что патогенные микроорганизмы могут обладать повышенной аллергенностью в связи со статистически значимо большей долей предсказанных аллергенов среди их белков.

Читать в источнике