Панель однонуклеотидных, сцепленных с X-хромосомой, полиморфных маркеров для ДНК-идентификации (XSNPid) на основе мультиплексного генотипирования с использованием методов многолокусной ПЦР и масс-спектрометрии MALDI-TOF

Генетические маркеры человека, сцепленные с X-хромосомой (кратко – X-сцепленные), применяются в области популяционной генетики, медицинской генетики, а также для ДНК-идентификации индивида в криминалистике и судебной медицине. Нами предложена панель XSNPid, состоящая из 66 несцепленных однонуклеотидных маркеров Х-хромосомы, и разработан протокол их мультиплексного генотипирования с помощью методов многолокусной ПЦР и масс-спектрометрии MALDI-TOF. Панель XSNPid генотипируется в составе двух мультиплексов (на 36 и 30 маркеров). Разработанный протокол обеспечивает эффективное чтение генотипов: доля определяемых генотипов составляет 98.29%. Для русской популяции характерен высокий уровень генного разнообразия (0.461) по X-сцепленным SNP, включенным в панель. 63 из 66 маркеров, обеспечивающих высокую эффективность генотипирования и независимое наследование, пригодны для целей ДНК-идентификации. Для панели XSNPid характерна очень высокая дискриминационная способность при исследовании русской популяции. Вероятность совпадения генотипов у двух неродственных индивидов составляет 9 × 10–27 для женщин и 2 × 10–18 для мужчин. При сравнении с другими ближайшими аналогами наборов X-хромосомных SNP, панель XSNPid обладает, кроме более высокой дискриминирующей способности, также большей емкостью мультиплексов, что делает ее более экономически выгодной и требует меньших затрат времени при использовании. Панель XSNPid – удобный инструмент не только для индивидуальной ДНК-идентификации, но и для популяционно-генетических исследований.

Читать в источнике