Основная научная работа М.Е. Лопаткиной посвящена изучению генетики интеллектуальных нарушений, связана с исследованием механизмов формирования хромосомных мутаций и установлением их роли в развитии наследственных болезней.

Лопаткина Мария является автором и соавтором 98 публикаций, среди которых 3 статьи за первым авторством в журнале, входящем в базы Scopus и Web of Science; 39 статей в ведущих рецензируемых научных Российских и зарубежных журналах и изданиях, входящих в перечень ВАК; 45 статей в сборниках, индексируемых в базе РИНЦ и 44 тезиса в сборниках трудов конференций.

Результаты научных работ Лопаткиной Марии были представлены на 17 межрегиональных, всероссийских и международных конференциях.

Лопаткина М.Е. принимала участие в выполнении исследовательских работ по грантам Минобрнауки РФ, грантам РНФ, РФФИ и ФЦП. В настоящее время продолжаются исследования по грантам РНФ (21-65-00017) и работы, выполняемые в рамках государственного задания организации. В 2019 году Лопаткина Мария выиграла в конкурсе РФФИ на лучшие проекты фундаментальных научных исследований, выполняемых молодыми учеными, обучающимися в аспирантуре («Влияние родительского происхождения хромосомной микродупликации на формирование клинической картины хромосомного заболевания в модельной системе нейронов, дифференцированных из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток носителей микродупликации гена CNTN6»; № 19-315-90105).

В 2018 году была награждена стипендией президента РФ для обучающихся по специальностям или направлениям подготовки, соответствующим приоритетным направлениям модернизации и технологического развития российской экономики.

1. Karamysheva T.V., Gayner T.A., Elisaphenko E.A., Trifonov V.A., Zakirova E.G., Orishchenko K.E., Prokhorovich M.A., Lopatkina M.E., Skryabin N.A., Lebedev I.N., Rubtsov N.B. The Precise Breakpoint Mapping in Paracentric Inversion 10q22.2q23.3 by Comprehensive Cytogenomic Analysis, Multicolor Banding, and Single-Copy Chromosome Sequencing. Biomedicines. 2022. Vol. 10. No. 12 3255. doi: 10.3390/biomedicines10123255

2. Igor N. Lebedev, Tatyana V. Karamysheva , Eugeny A. Elisaphenko, Alexey I. Makunin, Daria I. Zhigalina, Maria E. Lopatkina, Gleb V. Drozdov, Aleksander D. Cheremnykh, Natalia B. Torkhova, Gulnara N. Seitova, Stanislav A. Vasilyev, Anna A. Kashevarova, Ludmila P. Nazarenko, Nikolay B. Rubtsov. Prenatal Diagnosis of Small Supernumerary Marker Chromosome 10 by Array-Based Comparative Genomic Hybridization and Microdissected Chromosome Sequencing. Biomedicines. 2021. Vol. 9. No. 8:1030. doi: 10.3390/biomedicines9081030

3. Лопаткина М.Е., Иванова С.А., Лебедев И.Н. Оценка распространенности и родительского происхождения хромосомных микроделеций и микродупликаций, затрагивающих ген CNTN6, в выборке пациентов с нарушением нервно-психического развития и у здоровых индивидов. Генетика. 2021. Т. 57. №8. с. 964-969. doi: 10.31857/S0016675821070109

4. Лопаткина М.Е., Лебедев И.Н. Транскриптомный анализ как инструмент изучения патогенеза хромосомных болезней. Генетика. 2020. Т. 56. Н. 5. с. 534-549. doi: 10.31857/S0016675820050094

5. Кашеварова А.А., Скрябин Н.А., Никитина Т.В., Лопаткина М.Е., Саженова Е.А., Жигалина Д.И., Савченко Р.Р., Лебедев И.Н. Онтогенетическая плейотропия генов, вовлеченных в CNV у спонтанных абортусов человека. Генетика. 2019. Т. 55. № 10. с. 1158-1171. doi: 10.1134/S0016675819100060

6. Gridina M.M., Nikitina T.V., Pristyazhnyuk I.E., Kashevarova A.A., Lopatkina M.E., Vasilyev S.A., Nazarenko L.P., Lebedev I.N., Serov O.L. Generation of the induced pluripotent stem cell line, ICAGi002-A, from unaffected carrier megabase scaled duplication involving the CNTN6 gene. Stem Cell Res. 2019. V. 40. N. 101556. doi: 10.1016/j.scr.2019.101556

7. Shnaider T.A., Pristyazhnyuk I.E., Menzorov A.G., Matveeva N.M., Nikitina T.V., Khabarova A.A., Skryabin N.A., Kashevarova A.A., Lopatkina M.E., Nazarenko L.P., Lebedev I.N., Serov O.L. Generation of four iPSC lines from two siblings with a microdeletion at the CNTN6 gene and intellectual disability. Stem Cell Res. 2019. Vol. 41. N. 101591. doi: 10.1016/j.scr.2019.101591

8. Лопаткина М.Е., Лебедев И.Н. Роль CNTN6 в патогенезе нарушений нервно-психического развития. Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике / Под ред. чл.-корр. РАЕН А.Б. Масленникова. Вып. 29. Новосибирск: Академиздат. 2019. с. 93-110.

9. Lopatkina M.E., Fishman V.S., Gridina M.M., Skryabin N.A., Nikitina T.V., Kashevarova A.A., Nazarenko L.P., Serov O.L., Lebedev I.N. The search of biological processes affected by CNTN6 microdeletion in neurons, derived from induced pluripotent stem cells of a patient with intellectual disability and 3p26.3 microdeletion. European Journal Of Human Genetics. 2019. Vol. 27. Suppl. P08.13A. P. 216-216. doi: 10.1038/s41431-019-0404-7

10. Скрябин Н.А., Лопаткина М.Е., Корф М.П., Филиппова М.О., Сеитова Г.Н., Назаренко Л.П., Лебедев И.Н. Молекулярное кариотипирование в практике пренатальной диагностики: опыт, проблемы, перспективы. Медицинская генетика. 2019. Т. 18. № 3 (201). с. 55-61. doi: 10.25557/2073-7998.2019.03.55-61

11. Лопаткина М. Е., Кашеварова А. А., Скрябин Н. А., Шорина А. Р. Масленников А. Б., Назаренко Л. П., Лебедев И. Н. Поиск молекулярных путей и белковых партнеров CNTN6 в регуляции краниогенеза. Медицинская генетика. 2016. Т. 15. № 5 (167). с. 10-14.

12. Лопаткина М.Е., Кашеварова А.А., Лебедев И.Н. Оценка ассоциации вариаций числа копий гена CNTN6 с идиопатическими интеллектуальными расстройствами. Генетика. 2016. Т. 52. № 9. с. 1109–1112.

13. Кашеварова А. А., Скрябин Н. А., Лопаткина М. Е., О. А. Салюкова, М. Н. Филимонова, Лежнина О.В., Шорина А.Р., Масленников А.Б., Назаренко Л.П., Culic V., Лебедев И.Н. Молекулярное кариотипирование при недифференцированных формах интеллектуальных расстройств: от хромосомных мутаций к идентификации патогенетически значимых генов. Медицинская генетика. 2016. Т. 15. № 4 (166). с. 46-49.