Основная сфера научных исследований Е.А. Трифоновой связана с фундаментальными и прикладными направлениями в области геномики и транскриптомики многофакторных заболеваний. Екатерина Александровна является автором более 80 печатных трудов, в том числе 2 монографии, 63 публикации в ведущих российских и зарубежных журналах, а также одного учебно-методического пособия. Имеет 1 российский патент на изобретения.

Е.А. Трифонова принимает активное участие в организации и проведении научных исследований при поддержке отечественных научных фондов (руководитель проектов РФФИ «Выявление этно-популяционных характеристик подверженности к преэклампсии в популяциях России с использованием подходов геномики и транскриптомики» № 14-04-01467; «Роль регуляторных участков генома в подверженности к осложненному течению беременности» № 18-44-700007; исполнитель по проектам «Эволюционная генетика ожирения» № 18-04-00758; «Популяционная геномика и транскриптомика человека: поиск сигналов не-нейтральной эволюции» № 18-29-13045), а также выполнении федеральных целевых программ (руководитель проекта «Интегрированный анализ полногеномных и транскриптомных данных для идентификации эволюционных аспектов формирования репродуктивных заболеваний человека», исполнитель по проектам «Сравнительное популяционно-генетическое изучение широко распространенных мультифакториальных заболеваний в популяциях EU/AC и России. 02.527.11.0006», «Изучение генетического разнообразия в современных популяциях человека. П321», «Работы по проведению проблемно-ориентированных поисковых исследований и созданию научно-технического задела в области наук о жизни с участием научно-исследовательских организаций Австралии», «Этническая геномика населения Сибири. 02.512.11.2289», «Коэволюция генома и фенома человека: генетическое разнообразие популяций и фенотипическая вариабельность синтропных признаков. 02.740.11.0284»). Научные достижения Е.А. Трифоновой отмечены Почётной грамотой Администрации города Томска (2012 г.), дипломом Лауреата Премии Томской области в сфере образования, науки, здравоохранения и культуры в номинации «Премии научным и научно-педагогическим коллективам» (2017 г.).

1. Трифонова Е.А., Сваровская М.Г., Сереброва В.Н., Куценко И.Г., Агаркова Л.А., Степанов И.А., Жилякова О.В., Габидулина Т.В., Ижойкина Е.В., Степанов В.А. Геномные и постгеномные технологии в генетике преэклампсии // Генетика. 2020. Т. 56. № 5. С. 495-513.

2. Е.A. Trifonova, M.G. Swarovskaya, O.A. Ganzha, O.V. Voronkova, T.V. Gabidulina, V A. Stepanov The interaction effect of angiogenesis and endothelial dysfunction-related gene variants increases the susceptibility of recurrent pregnancy loss// Journal of Assisted Reproduction and Genetics. 2019. 2019. Т. 36. № 4. С. 717-726.

3. Трифонова Е.А., Ганьжа О.А., Габидулина Т.В., Девятьярова Л.Л., Сотникова Л.С., Степанов В.А. Генетические факторы в развитии привычного невынашивания беременности: обзор данных мета-анализов // Акушерство и гинекология. 2017. № 4. С. 14-20.  

4. Сереброва В.Н., Трифонова Е.А., Габидулина Т.В., Бухарина И.Ю., Агаркова Т.А., Евтушенко И.Д., Максимова Н.Р., Степанов В.А. Выявление новых маркеров предрасположенности к преэклампсии путем анализа регуляторных участков генов, демонстрирующих дифференциальную экспрессию в плацентарной ткани // Молекулярная биология. – 2016. –Т. 50. - №5. – С. 870-879.

5. Трифонова Е.А., Габидулина Т.В., Бухарина И.Ю., Степанов В.А. Роль факторов наследственной предрасположенности в развитии преэклампсии: обзор данных метаанализов. Молекулярная медицина. 2016. № 1. С. 8-14.

6. Чередниченко А.А., Степанов В.А., Трифонова Е.А., и др. Связь генетического разнообразия по полиморфным вариантам генов, ассоциированных с иммунозависимыми фенотипами, с распространенностью инфекционных и паразитарных заболеваний в популяциях человека // Медицинская генетика. – 2016. – N. 5. – С. 56-60. 

7. Чередниченко А. А., Трифонова Е. А., Вагайцева К. В., и др. Распространенность аллелей полиморфных вариантов генов, ассоциированных с иммунозависимыми заболеваниями, в популяциях Северной Евразии // Молекулярная биология. – 2015. – Т. 49. – N. 6. – С. 984–992. 

8. E. A. Trifonova, T. V. Gabidulina, N. I. Ershov, V. N. Serebrova, A. Yu. Vorozhishcheva, V. A. Stepanov. Analysis of the Placental Tissue Transcriptome of Normal and Preeclampsia Complicated Pregnancies // ActaNaturae. - VOL. 6 № 2 (21). - 2014. – P. 71-83.

9. Степанов В.А., Харьков В.Н., Трифонова Е.А., Марусин А.В. Методы статистического анализа в популяционной и эволюционной генетике человека. Учебно-методическое пособие. Серия «Наследственность и здоровье». Вып. 12. Томск: «Печатная мануфактура». 2014. 100 с.

10. V. A. Stepanov, E. A. Trifonova. Multiplex SNP Genotyping by MALDI–TOF Mass Spectrometry:Frequencies of 56 Immune Response Gene SNPs in Human Populations. Molecular Biology, 2013, Vol. 47, No. 6, pp. 852–862. (DOI: 10.1134/S0026893313060149).

11. Степанов В.А., Канделария П., Кхо С., и др. Деканализация иммунного ответа при расселении современного человека: связь генетического разнообразия в генах иммунной системы с климато-географическими факторами // Медицинская генетика. – 2013. – Т. 12. – N. 4 (130). – С. 8-18.

12. Ворожищева А.Ю., Трифонова Е.А., Будко Ю.К., Сереброва В.Н., Максимова Н.Р., Павлова К.К., Габидулина Т.В., Степанов В.А. Роль генетической вариабельности локуса ACVR2A в формировании подверженности преэклампсии // Медицинская генетика, №10. – 2013. – С. 35-40.

13. E. A. Trifonova, M. G. Spiridonova, T. V. Gabidulina, F. D. Urnov, V. P. Puzyrev and V. A. Stepanov. Analysis of the MTHFR gene linkage disequilibrium structure and association of polymorphic gene variants with coronary atherosclerosis // Russian Journal of Genetics. 2012. V. 48. №10. Р. 1035–1047. (DOI: 10.1134/S1022795412100122).

14. Trifonova E., Eremina E, Urnov F., Stepanov V. The Genetic diversity and structure of linkage disequilibrium of the MTHFR gene in populations of Northern Eurasia // ActaNaturae. 2012. V.4. №1. P. 53-70.

15. Трифонова Е.А., Габидулина Т.В., Агаркова Т.А., Сереброва В.Н., Бутко Ю.К., Ворожищева А.Ю., Юрьев С.Ю., Девятьярова Л.А., Минайчева Л.И., Степанов В.А. Анализ роли наследственной тромбофилии в развитии осложненного течения беременности // Фундаментальные исследования. 2012. №10. С. 337-344.

16. Трифонова Е.А., Едачева А.А., Павлова К.К., Габитова Н.А., Агаркова Т.А., Габидулина Т.В., Еремина Е.Р., Степанов В.А. Ассоциации tagSNPs и гаплотипов гена VEGF с развитием гестоза в популяциях различного этнического происхождения // Медицинская генетика. 2012. № 1. С. 28-35.

17. Е.А. Трифонова, Т.В. Габидулина, Т.А. Агаркова, Н.А. Габитова, В.А. Степанов. Гомоцистеин, полиморфизмы гена MTHFR и осложнения беременности. Акушерство и гинекология. 2011. № 2, с. 8-15.