РУССКИЙ | ENGLISH
Главная | Карта сайта | Контакты | Вход
Поиск:
Контакты
НИИ медицинской генетики
Адрес:
Россия, 634050, г. Томск, Набережная реки Ушайки, 10
Телефон:
Приемная директора:
+7 (3822) 51-22-28;

Генетическая клиника
Адрес:
г.Томск, Московский тракт, 3 Регистратура:
+7 (3822) 53-05-37

Факс: +7 (3822) 51-37-44

Яндекс.Метрика





Method of targeted bisulfite massive parallel sequencing of the human LINE-1 retrotransposon promoter

В журнале MethodsX (2021, doi.org/10.1016/j.mex.2021.101445) опубликована статья «Method of targeted bisulfite massive parallel sequencing of the human LINE-1 retrotransposon promoter», подготовленная сотрудниками НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ (Васильев С. А., Марков А.В., Васильева О.Ю., Толмачева Е.Н., Шарыш Д.В., Жигалина Д.И., Деменева В.В., Лебедев И. Н.) совместно со студентом СибГМУ (Затула Л.А.).

Индекс метилирования промотора ретротранспозона LINE-1 является одним из наиболее часто используемых маркеров для оценки глобального уровня метилирования генома в различных клетках и тканях человека. Учеными НИИ медицинской генетики разработан протокол на основе массового параллельного секвенирования для анализа метилирования ДНК промотора ретротранспозона LINE-1. Этот подход позволяет оценить индекс метилирования ДНК в 19 CpG-сайтах в промоторе LINE-1, которые обладают наибольшей тканеспецифической или опухолеспецифической изменчивостью. Метод обеспечивает оценку либо индекса метилирования каждого сайта CpG независимо, либо среднего индекса метилирования ДНК по промотору LINE-1. Результаты, полученные с использованием разработанного метода, хорошо соответствовали уровню метилирования, оцененному с использованием коммерчески доступного набора для пиросеквенирования ДНК. Кроме того, разработанный метод предоставляет гораздо больше информации: 1) профиль метилирования ДНК значительной части промотора LINE-1 и 2) уровень метилирования ДНК в отдельных локусах LINE-1 в геноме. Метод таргетного бисульфитного массивного параллельного секвенирования промотора ретротранспозона LINE-1 человека может быть использован в крупномасштабных исследованиях глобального уровня метилирования генома в нормальных клетках человека или опухолях.

Исследование выполнено при поддержке гранта РНФ № 19-74-10026 «Эпигенетический ландшафт в анеуплоидных эмбрионах человека».

 

Ссылка на публикацию: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215016121002387


просмотров: 361, опубликовано: 07.07.2021
« предыдущая | вернуться к списку | следующая »
Copyright © НИИ Медицинской Генетики Медиа-Ком : разработка сайта, веб дизайн, система управления сайтом